针对您提出的“房贷已还清开发商留存的借款合同怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，房贷还清后，您主要关注的是与购房及贷款相关的所有手续和文件的处理，以确保您的产权得到完整保护并解除所有法律限制。虽然您特别提到了“开发商留存的借款合同”，但通常借款合同（或称为贷款合同）是由您与银行或金融机构签订的，而非直接与开发商签订。不过，开发商可能在贷款过程中作为担保方或相关方涉及其中，且可能留存了相关文件的副本。以下是一系列处理步骤和建议：
一、确认贷款完全清偿
- 获取贷款结清证明：确保您已从银行或金融机构获得了贷款结清证明，这是证明您已全额偿还贷款本金、利息及其他费用的官方凭证。
二、联系银行或金融机构
- 了解后续步骤：主动与银行沟通，了解解除抵押的具体要求和所需材料，以及关于购房合同或借款合同原件的处理流程。
- 要求归还合同原件：如果借款合同原件被银行留存，您有权在贷款还清后要求银行归还。
三、解除房屋抵押
- 提交解除抵押材料：向银行提交贷款结清证明及其他要求的解除抵押材料。
- 办理抵押注销手续：携带有效身份证件、购房合同（如果银行留存了副本，可携带复印件或要求银行出具相关证明）等前往不动产登记中心办理抵押注销手续。
- 确认产权限制解除：完成注销后，确认房屋的产权限制已被解除，您拥有完整的产权。
四、与开发商沟通
- 关于借款合同副本：如果开发商留存了借款合同的副本，您可以与开发商沟通，了解他们是否需要保留该副本或是否可以归还给您。通常，开发商在贷款过程中作为担保方或相关方留存副本是为了备案或风险控制，贷款还清后，他们可能不再需要保留。
- 检查房屋质量：在质保期内，检查房屋是否存在未解决的质量问题，并依据购房合同中的质量条款与开发商沟通解决。
五、保留相关文件和记录
- 妥善保管文件：保留所有与贷款还清、购房合同、解除抵押、房产证（不动产权证书）以及与开发商沟通相关的文件和记录。
- 未来用途：这些文件在未来出售房产或处理其他房产相关事务时可能至关重要。
六、咨询专业律师（如需）
- 法律问题咨询：在整个过程中，如遇法律问题或不确定如何操作，建议及时咨询专业律师。
- 法律建议和指导：律师能提供具体的法律建议和指导，确保所有手续符合法律法规要求。
综上所述，房贷还清后，您应首先确认贷款完全清偿，然后联系银行或金融机构了解后续步骤并要求归还借款合同原件（如果银行留存了）。同时，与开发商沟通关于借款合同副本的处理，并检查房屋质量。最后，妥善保留所有相关文件和记录，并在需要时咨询专业律师。希望这些建议能对您有所帮助。