多层转包合同中事实合同的认定，需结合合同实际履行情况、各方真实意思表示及法律规定综合判断，核心在于是否存在事实上的权利义务关系。具体可从以下角度分析：

1. 事实合同的法律基础

根据《民法典》第四百九十条，法律、行政法规规定或当事人约定采用书面形式订立合同，但一方已履行主要义务且对方接受时，合同成立。在多层转包中，若实际施工方与发包方（或上层转包方）未签订书面合同，但存在以下情形，可认定为事实合同：

• 实际履行行为：实际施工方已按约定完成工程，发包方或上层转包方接受成果并支付部分款项；
• 意思表示一致：双方通过行为（如施工指令、验收、结算等）表明接受彼此的权利义务关系；
• 排除其他法律关系：无证据证明双方存在其他法律关系（如劳务关系、承揽关系等）。

2. 多层转包中事实合同的认定要点

（1）实际施工方的身份与履行情况

• 若实际施工方直接与发包方或上层转包方存在事实上的施工、验收、结算等行为，且发包方明知或应知转包事实，可能突破合同相对性，认定实际施工方与发包方形成事实合同关系；
• 需区分“转包”与“违法分包”：若转包行为本身违法（如未取得资质、主体结构转包等），可能影响合同效力，但不影响事实关系的认定。

（2）各方意思表示的推定

• 通过往来函件、会议纪要、付款记录等证据，推定各方是否默认接受事实合同关系；
• 若发包方直接向实际施工方支付工程款，或上层转包方未参与实际管理，可能视为对事实合同的认可。

（3）排除“表见代理”或“职务行为”

• 若实际施工方以他人名义施工，需区分是表见代理（相对方有理由相信其有代理权）还是事实合同；
• 若实际施工方以个人名义施工，且发包方未提出异议，更倾向于认定为事实合同。

3. 实务中的风险与建议

（1）风险点

• 事实合同因缺乏书面约定，易在工程范围、质量标准、付款时间等方面产生争议；
• 若转包链条中某一环节违约（如上层转包方跑路），实际施工方可能面临索赔困难。

（2）建议

• 留存证据：保存施工日志、验收单、付款凭证、沟通记录等，证明实际履行情况；
• 明确权利义务：即使未签书面合同，也可通过补充协议、会议纪要等方式固定关键条款；
• 及时主张权利：若发生纠纷，尽快通过诉讼或仲裁确认事实合同关系，避免超过诉讼时效。

总结：多层转包中事实合同的认定需以实际履行为核心，结合各方行为、意思表示及法律规定综合判断。若您涉及此类纠纷，可提供具体证据材料，我将进一步分析合同效力及责任承担问题。