当公司账户因为被起诉而被冻结，并且在您已经偿还了相关款项之后，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以保障公司的权益并尽快恢复账户的正常使用：

一、确认冻结详情与还款情况

1. 核实冻结信息：首先，您需要通过银行提供的通知或协助执行文书，明确是哪个法院或执法机关采取了冻结措施，以及冻结的具体金额和期限。

2. 确认还款情况：确保您已经全额偿还了原告所主张的款项，并保留好还款凭证，如转账记录、收据等，以备后续需要。

二、与冻结机关沟通

1. 联系冻结机关：在确认还款后，您应立即联系采取冻结措施的法院或执法机关，说明您已经偿还了款项，并请求他们核实这一情况。

2. 提交还款证据：向冻结机关提供还款凭证，以证明您已经履行了还款义务。这有助于加速冻结的解除过程。

三、申请解冻账户

1. 正式提交解冻申请：在确认还款情况已被冻结机关核实后，您应向冻结机关提交书面解冻申请，附上还款凭证等相关证据。

2. 等待审查与决定：冻结机关将审查您的解冻申请和相关证据，并作出是否解除冻结的决定。如果决定解冻，他们将通知银行解除对账户的冻结。

四、调整公司运营与财务管理

1. 灵活调度资金：在账户被冻结期间，您可能已经使用了其他未被冻结的账户进行交易。在账户解冻后，您可以根据需要调整资金安排，确保公司运营的顺畅。

2. 加强财务监控：建立专门的资金监控机制，密切关注账户动态，确保资金的安全和合规使用。同时，及时调整财务预算和计划，以应对可能出现的资金波动。

五、长远规划与风险防范

1. 修复公司信誉：如果账户冻结对公司的信誉造成了影响，您应采取措施进行修复，如及时公开信息、与客户沟通解释等。

2. 加强合规管理：建立健全内部控制体系，加强财务审计和监管，提高员工法律意识，从源头上降低法律风险。这有助于预防未来可能出现的类似问题。

总结：在偿还了款项后，面对公司账户被冻结的情况，关键在于迅速与冻结机关沟通、提交解冻申请，并调整公司运营与财务管理。同时，着眼长远进行合规管理和风险防范也是至关重要的。通过综合运用这些措施，您可以有效解决账户冻结问题，保障公司的持续稳定发展。