核心结论：合同变更后公章发生变化的，需根据变更性质、公章效力及双方意思表示综合判断处理方式，具体分以下两种情况处理：

1. 若公章变更属于合法主体变更（如公司合并、分立、名称变更）

• 法律效果：根据《民法典》第67条，公司合并/分立后，原合同权利义务由变更后的主体承继，公章变更不影响合同效力。
• 处理方式：
  • 书面确认：双方应签署《补充协议》，明确原合同主体变更为新主体，并加盖新公章，同时附上工商变更登记证明（如营业执照副本）；
  • 证据留存：保留原公章使用记录（如盖章文件清单）、工商变更公告等材料，证明公章变更的合法性；
  • 通知义务：若涉及第三方（如担保人），需书面通知合同主体变更事宜，避免因主体混淆引发纠纷。

2. 若公章变更属于非法定情形（如私刻公章、未经授权使用新公章）

• 法律风险：根据《刑法》第280条，私刻公章可能构成伪造公司印章罪；若新公章未经备案或授权，合同可能因“表见代理”规则被认定为无效或效力待定。
• 处理方式：
  • 立即止损：若发现对方使用非法定公章，应立即书面提出异议，要求对方用原公章或合法新公章重新确认合同内容；
  • 证据固定：留存对方使用非法定公章的证据（如聊天记录、邮件、盖章文件照片），必要时申请公章鉴定；
  • 诉讼准备：若对方拒绝配合，可依据《民法典》第154条（恶意串通）或第171条（无权代理）主张合同无效或撤销，并要求赔偿损失。

补充建议

• 公章备案查询：通过“国家企业信用信息公示系统”或当地工商部门查询对方公章备案信息，核实新公章合法性；
• 合同条款审查：检查原合同是否约定“公章变更需书面通知”或“仅认可备案公章”等条款，若有则按约定处理；
• 第三方见证：若涉及重大交易，可邀请公证处或律师见证公章变更及合同补充确认过程，增强证据效力。

提示：公章变更可能涉及合同主体、权利义务的实质变化，建议根据具体情况选择上述方案，必要时可提供合同文本及公章变更材料，我会进一步分析风险点。