核心结论：借款门店与公司名称不一致时，需根据具体情况采取不同处理方式，关键在于明确法律关系主体、完善合同条款、保留交易证据，必要时通过法律途径解决争议。以下是具体分析：

1. 核实法律关系主体，明确责任承担方

• 若门店是公司分支机构（如分公司）：
  根据《公司法》第14条，分公司不具有独立法人资格，其民事责任由公司承担。此时需确认门店是否依法登记并领取营业执照：
  • 已登记的分公司：可直接以分公司名义签订借款合同，但公司仍需承担最终责任；
  • 未登记的“门店”：可能被认定为个人行为或表见代理，需结合其他证据（如授权书、公章使用记录）判断责任主体。
• 若门店是独立主体（如个体工商户或子公司）：
  需区分法律性质：
  • 个体工商户：以经营者个人财产承担无限责任，需核对营业执照上的经营者信息；
  • 子公司：具有独立法人资格，需以子公司自身财产承担责任，母公司一般不直接担责。

2. 完善合同条款，规避主体混淆风险

• 明确合同主体：在借款合同中清晰写明“出借方”和“借款方”的全称、统一社会信用代码（或身份证号）、地址等信息，避免使用简称或模糊表述。
• 约定责任承担：若门店与公司存在关联关系，可增加条款明确“如借款方无法履行义务，由公司承担连带责任”或“门店行为视为公司授权行为”。
• 签字盖章规范：要求合同加盖公司公章或合同专用章，而非门店印章；若只能加盖门店印章，需附公司授权文件。

3. 保留交易证据，证明资金流向与用途

• 转账记录：通过银行转账时，备注借款用途（如“XX门店借款”），并保留转账凭证；
• 沟通记录：保存与门店或公司工作人员的微信、邮件等聊天记录，证明对方承认借款事实；
• 用途证明：如借款用于门店经营，可要求对方提供采购合同、发票等证据，强化资金用途的关联性。

4. 争议解决路径：诉讼或仲裁

• 起诉对象选择：
  
  • 若门店是公司分支机构，可同时起诉门店和公司；
  • 若门店是独立主体，需根据合同相对性原则起诉门店，但可尝试追加公司为第三人（如存在人格混同情形）。
• 人格混同主张：
  若公司与门店存在财产混同、业务混同、人员混同（如财务共用、员工交叉任职），可依据《公司法》第20条主张“刺破公司面纱”，要求公司承担连带责任。需提供审计报告、工资发放记录等证据。

5. 预防性建议：事前风险控制

• 尽职调查：借款前通过国家企业信用信息公示系统查询门店与公司的关系，确认其合法性；
• 担保措施：要求公司提供担保（如抵押、质押或保证），或要求门店经营者提供个人连带责任保证；
• 公证或见证：对借款合同进行公证，或邀请第三方见证签约过程，增强证据效力。

总结：名称不一致本身不必然导致合同无效，但需通过上述步骤固定法律关系主体、完善证据链。若已发生纠纷，建议携带合同、转账记录等材料进一步分析，制定具体诉讼策略。