结论：是否合法需分情况讨论，主要取决于兼职的性质以及单位的相关规章制度。
如果兼职属于本职工作的一部分或与本职工作紧密相关：
- 在这种情况下，兼职工资可能被视为本职工作工资的一部分或延伸。如果员工请病假，单位根据规章制度扣除相应的工资（包括兼职工资）可能是合法的，但这必须建立在规章制度合法、合理且已向员工明确告知的基础上。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。同时，员工因病或非因工负伤停止工作医疗时，用人单位应按照规定支付病假工资或疾病救济费，但具体支付标准可能因单位规章制度而异。
如果兼职与本职工作完全独立，且单位规章制度未明确规定：
- 在这种情况下，兼职工资通常被视为员工额外的劳动收入，与本职工作工资分开计算。如果单位未经员工同意，擅自扣除兼职工资，可能构成违法。
- 法律建议：员工应首先查阅单位的规章制度，了解关于病假工资支付和兼职工资处理的具体规定。如果规章制度中未明确规定或规定不明确，员工可以与单位进行协商，要求单位按照法律规定支付病假工资，并保留兼职工资不受影响。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
特殊情况：兼职是否构成劳动关系：
- 如果兼职与本单位之间构成了另一个独立的劳动关系（即员工同时与两个或两个以上用人单位建立劳动关系），那么单位在扣除兼职工资时需更加谨慎。在这种情况下，单位应确保扣除行为符合相关法律法规和规章制度的规定，且不得侵犯员工的合法权益。
- 法律提示：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，非全日制用工双方当事人可以订立口头协议，且任何一方都可以随时通知对方终止用工。但是，如果兼职构成了全日制用工关系，那么单位在扣除工资时需遵循更严格的法律规定。
进一步思考：
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付、病假待遇和兼职处理的规定。
- 单位在制定规章制度时，应确保规章制度合法、合理且已向员工明确告知，以避免因规章制度不明确而引发的劳动纠纷。
- 如果员工对单位的工资扣除行为有异议，应及时与单位进行沟通协商，并保留好相关证据以便后续维权。
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