在工伤中，违法分包的认定部门主要是社会保险行政部门，但具体责任主体的确定可能涉及劳动争议仲裁机构或法院的裁决。以下是对这一问题的详细分析：
一、违法分包的工伤认定流程
申请工伤认定：
- 职工或其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日起一年内，向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。在违法分包的情况下，由于直接用工单位可能不具备合法资质或逃避责任，职工可以向实际承担工伤保险责任的单位（如具备用工主体资格的承包单位）提出申请。
提交材料：
- 申请人需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等相关材料。在违法分包的情况下，劳动者需提供额外证据，如工作证、工资记录、证人证言等，以证明事实劳动关系。
调查核实：
- 社会保险行政部门受理申请后，会根据审核需要对事故伤害进行调查核实。调查内容可能包括事故发生的时间、地点、原因、经过等，以及职工与用人单位之间的劳动关系情况。在违法分包的情况下，社会保险行政部门会重点审查分包行为的合法性以及责任主体的确定。
作出决定：
- 社会保险行政部门在调查核实的基础上，会作出是否认定为工伤的决定。如果认定为工伤，职工将享受相应的工伤保险待遇。
二、违法分包中责任主体的确定
发包方责任：
- 根据《人力资源社会保障部关于执行〈工伤保险条例〉若干问题的意见》第七条以及《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条，当存在违法分包时，即使劳动者与发包方没有直接劳动合同，只要分包方不具备用工主体资格，发包方仍需承担工伤赔偿责任，包括支付工伤待遇、承担工伤保险费用等。
承包方责任：
- 不具备用工主体资格的承包方虽非合法用工主体，但作为直接雇佣者，对劳动者的工伤负有责任，应根据过错程度承担赔偿责任。在某些情况下，承包方与发包方可能需承担连带责任，以确保劳动者获得充分赔偿。
争议解决：
- 如果对责任主体的确定存在争议，劳动者可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向法院提起诉讼。劳动争议仲裁机构或法院将根据相关法律法规和事实情况，对责任主体进行最终裁决。
三、法律建议
对劳动者的建议：
- 在遭受事故伤害后，应及时向劳动保障行政部门申请工伤认定，并提供相关证据材料以支持其主张。若遇到复杂情况或争议，如违法分包导致责任主体不明确时，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。
对用人单位的建议：
- 应严格遵守法律法规和合同约定，避免违法分包行为的发生。同时，应建立健全的工伤保险制度，确保劳动者在遭受事故伤害时能够及时获得赔偿。
综上所述，工伤中违法分包的认定部门主要是社会保险行政部门，但具体责任主体的确定可能涉及劳动争议仲裁机构或法院的裁决。如果你或你身边的人遇到了类似问题，欢迎随时向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。