亲子鉴定女方不同意，并不会直接导致亲子鉴定无效。在司法实践中，如果一方已经进行了亲子鉴定，而另一方拒绝进行亲子鉴定，法院有权根据已有证据和情况，认定是否存在亲子关系，并依法作出判决。

具体来说，如果男方提供了亲子鉴定报告，而女方拒绝进行亲子鉴定，且没有其他相反证据推翻该亲子鉴定报告的情况下，法院可能会倾向于认定亲子鉴定报告的有效性，并据此作出相应的判决。当然，法院在作出判决时，还会综合考虑其他证据和情况，如双方的关系、孩子的出生情况、抚养情况等。

因此，女方不同意进行亲子鉴定，并不会对亲子鉴定的有效性产生决定性影响。如果男方有亲子鉴定的需求，且符合相关法律规定，他仍然可以进行亲子鉴定，并根据鉴定结果采取相应的法律行动。同时，也建议双方在涉及亲子关系的问题上，尽量通过协商和沟通来解决，以避免不必要的法律纠纷。