宅基地使用权纠纷案在特定情形下可以适用《物权法》第九条（现《民法典》物权编第二百零九条）作为裁判依据，但需结合纠纷具体类型和法律适用条件综合判断。以下分情况说明：

1. 若纠纷涉及宅基地使用权的“物权变动效力”争议，可直接适用

《民法典》第二百零九条（原《物权法》第九条）规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。”
适用场景：

• 宅基地使用权因转让、继承、赠与等行为发生变动时，若一方主张未办理登记手续导致物权未生效（如转让后未过户），法院可能依据该条款认定物权变动是否成立。
  
• 例如：甲将宅基地使用权转让给乙，但未办理变更登记，后甲反悔主张转让无效，法院可能以“未登记不发生物权效力”为由支持甲的主张（但需注意农村宅基地转让的特殊限制，如受让人资格等）。

2. 若纠纷涉及宅基地使用权的“权属确认”或“侵权保护”，需结合其他条款

宅基地使用权纠纷常涉及权属争议（如多户主张同一宅基地）或侵权纠纷（如他人侵占宅基地）。此时：

• 权属确认：需优先适用《民法典》第三百六十二条（宅基地使用权定义）及第三百六十三条（权属登记规则），结合历史使用情况、政府确权文件等综合判断。
  
• 侵权保护：若涉及他人侵占宅基地，可依据《民法典》第二百三十六条（返还原物请求权）或第二百三十八条（损害赔偿请求权）主张权利，此时第九条可能作为辅助条款说明物权归属。

3. 需注意农村宅基地的特殊性

农村宅基地使用权受《土地管理法》等特别法调整，其流转、继承等受严格限制（如仅限本集体经济组织成员之间转让）。即使适用《民法典》第二百零九条，也需以符合特别法规定为前提。
示例：

• 城镇居民购买宅基地使用权，即使办理了过户登记，也可能因违反《土地管理法》第六十二条（“一户一宅”原则及受让人资格限制）被认定无效，此时第九条的适用需让位于特别法规定。

总结建议

宅基地使用权纠纷中，《民法典》第二百零九条的适用需结合纠纷类型和法律体系综合判断。若涉及物权变动效力争议，该条款是核心依据；若涉及权属确认或侵权保护，则需与其他条款及特别法规定联动分析。具体案件中，建议提供纠纷细节（如是否登记、争议类型等），以便进一步精准分析法律适用。