存款受《存款保险条例》保护，但在特定司法情形下仍可能被冻结。具体分析如下：

1. 《存款保险条例》的保护范围
   根据《存款保险条例》，存款保险覆盖境内设立的商业银行、农村合作银行、农村信用合作社等吸收存款的银行业金融机构。当银行出现破产、清算等情形时，存款保险基金会对同一存款人在同一家银行的50万元以内本息提供全额偿付。但需注意，存款保险的赔付与司法冻结是两个独立的法律程序，存款保险不直接阻止司法机关对存款的冻结。

2. 司法冻结的法律依据与条件
   根据《民事诉讼法》《刑事诉讼法》及相关司法解释，司法机关（如法院、检察院、公安机关）在办理案件时，若发现存款与案件相关（如涉案财产、债务纠纷、刑事犯罪赃款等），可依法向银行发出协助冻结通知书，要求银行冻结存款。冻结的目的是保障诉讼顺利进行或执行生效法律文书，与存款是否受存款保险保护无关。

3. 冻结后的处理方式

   • 若存款最终被认定为涉案财产，可能被划扣或没收；
     
   • 若存款与案件无关，或案件终结后未被认定涉案，司法机关会解除冻结，存款恢复自由支配；
     
   • 若银行因破产进入存款保险赔付程序，已冻结的存款需先由司法机关处理完毕（如划扣、返还等）后，剩余部分（如有）才可能纳入存款保险赔付范围。

4. 特殊情形：超额部分的处理
   若存款超过50万元，超出部分不受存款保险保护，但司法机关仍可依法冻结全部存款。超出部分的偿付需通过银行清算程序分配，与存款保险无关。

总结：存款保险保护的是银行破产时的偿付能力，而司法冻结是诉讼程序中的强制措施，二者适用不同法律逻辑。若您的存款被司法冻结，建议及时联系冻结机关了解原因，并配合调查以维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。