结论前置：员工经常迟到，用人单位在符合法律法规规定且规章制度合法、合理的情况下，可以依据规章制度扣除部分工资，但扣款数额必须合理，且与迟到的时间长短、对公司的实际影响等因素相匹配。
法律规定角度
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 这意味着，除非有法定情形，否则用人单位不得随意扣除员工工资。
代扣代缴情形：
- 《工资支付暂行规定》也明确指出，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等法定情形。
- 迟到并不属于这些法定情形之一，因此，用人单位不能直接以迟到为由扣除员工工资，除非规章制度中有明确规定且符合法定程序。
企业规章制度角度
规章制度的制定与公示：
- 用人单位可以在规章制度中设定对迟到等违纪行为的处罚措施，但这些措施必须合法、合理，且经过公开公示并告知员工。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或告知劳动者。
规章制度的合法性：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了迟到扣工资的标准和程序，并且该规章制度已经过民主程序制定、内容合法且已告知员工，那么用人单位有权依据规章制度扣除迟到员工的部分工资。
- 但需要注意的是，规章制度的内容必须合理，不能过分严苛，否则可能被认定为无效。
扣工资的合理性角度
扣款数额的合理性：
- 即使规章制度允许迟到扣工资，扣款的数额也必须合理。扣款数额应与迟到的时间长短、对公司的实际影响等因素相匹配。
- 如果扣款数额过高或不合理，可能构成违法克扣工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
经济损失的赔偿：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果员工经常迟到导致用人单位遭受了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失，从其工资中扣除相应款项。
- 但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
实际案例与建议
- 在实际案例中，法院会综合考虑规章制度的合法性、扣款数额的合理性以及劳动者的实际权益。有法院曾判决用人单位因过分严苛的迟到扣款制度而需向员工支付工资差额，这表明法院在审理此类案件时会严格审查用人单位的扣款行为是否合法、合理。
- 建议：用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、程序正当，并充分保障劳动者的合法权益。同时，劳动者也应遵守公司的规章制度，按时到岗工作。如果双方因扣工资问题产生争议，建议通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式妥善解决。
总结：员工经常迟到是否可以扣工资取决于多个因素的综合考量，包括法律法规的规定、企业规章制度的合法性与合理性以及扣款数额的合理性等。用人单位在制定和执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。