核心结论：在两人合伙做生意且使用对方公司资质签合同的场景下，为有效保留证据，可从书面文件、沟通记录、资金往来、业务执行过程、第三方见证等多个方面着手，以下为你详细介绍：
书面文件类证据
- 合伙协议
- 这是证明双方合伙关系的关键证据。协议中应明确双方的权利义务，包括出资方式、出资比例、利润分配、亏损承担、决策机制等重要内容。例如，约定一方负责提供公司资质用于签合同，另一方负责具体业务运营和资金投入，以及双方在合同履行过程中的具体职责等。
- 协议需双方签字或盖章确认，最好有见证人或进行公证，以增强其证明力。
- 授权委托文件
- 如果使用对方公司资质签合同，需要对方公司出具明确的授权委托书。授权委托书应详细载明授权范围、授权期限、被授权人（即实际负责签合同和履行合同的一方）等信息。
- 例如，明确授权被授权人以对方公司名义与特定客户签订特定类型的合同，以及在合同履行过程中的相关权限，如收款、发货等。
- 合同文本
- 保存好使用对方公司资质签订的所有合同原件，这是直接证明业务内容和双方权利义务的重要文件。合同中应明确合同主体（虽然使用的是对方公司资质，但可在合同中适当体现双方合伙的实际情况，如在补充条款中说明）、合同标的、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、违约责任等条款。
- 例如，在合同中约定货物交付后，由合伙双方共同负责验收，或者约定利润分配方式与合同履行情况挂钩等。
沟通记录类证据
- 书面沟通记录
- 包括双方之间的邮件、短信、微信等文字沟通记录。这些记录可以反映双方在合伙过程中的协商过程、决策过程以及对合同履行情况的沟通等内容。
- 例如，在邮件中讨论合伙的具体细节、合同条款的修改意见、业务进展情况等；在微信中沟通资金投入、客户反馈等信息。保存这些沟通记录时，要注意保留完整的聊天记录，不要选择性删除。
- 会议纪要
- 如果双方有召开合伙会议讨论重要事项，应制作详细的会议纪要。会议纪要应记录会议时间、地点、参会人员、会议议题、讨论过程和决议内容等信息，并由参会人员签字确认。
- 例如，会议讨论决定使用对方公司资质签合同的具体方案、利润分配方式的调整等事项，会议纪要可以作为证明双方决策过程和结果的重要证据。
资金往来类证据
- 出资证明
- 双方应保留好各自的出资凭证，如银行转账记录、收据等。出资凭证应明确注明出资用途为合伙项目，以及出资的具体金额和时间。
- 例如，一方通过银行转账向合伙项目账户转入资金，转账备注中应注明“合伙出资”等字样；如果以实物出资，应提供实物的评估报告和交接手续等证明文件。
- 收入和支出记录
- 建立详细的合伙项目收入和支出账目，记录每一笔资金的来源和去向。可以使用专业的财务软件或手工记账的方式进行记录，并保留好相关的发票、收据等原始凭证。
- 例如，记录使用对方公司资质签订合同后收到的客户货款，以及为履行合同而支付的采购成本、运输费用等支出。
业务执行过程类证据
- 业务操作记录
- 包括业务过程中的各种文件和记录，如采购订单、销售发票、发货单、验收报告等。这些文件可以证明合伙项目的实际业务开展情况，以及双方在业务执行过程中的参与程度。
- 例如，采购订单可以证明为履行合同而进行的采购行为，发货单可以证明货物已按照合同约定交付给客户，验收报告可以证明客户对货物的验收情况。
- 工作日志
- 双方可以要求参与合伙项目的工作人员记录工作日志，详细记录每天的工作内容、工作进展、遇到的问题及解决方法等信息。工作日志可以作为证明双方在业务执行过程中付出努力和承担工作的重要证据。
- 例如，工作人员记录了为签订合同而进行的市场调研、与客户沟通谈判的过程，以及在合同履行过程中对货物质量的监控等情况。
第三方见证类证据
- 证人证言
- 如果在合伙过程中有第三方见证了重要事项，如合伙协议的签订、重大决策的讨论等，可以邀请这些第三方作为证人出具证言。证人证言应详细、客观地描述所见证的事实，并由证人签字确认。
- 例如，邀请合作伙伴的员工、客户或其他熟悉情况的人作为证人，证明双方在合伙过程中的合作情况和相关事实。
- 公证文书
- 对于一些重要的文件和行为，如合伙协议、授权委托书等，可以进行公证。公证文书具有较高的证明力，可以在一定程度上避免纠纷的发生。
- 例如，对合伙协议进行公证，可以证明协议的真实性和合法性，以及双方在签订协议时的真实意思表示。
在保留证据的过程中，要注意证据的完整性、真实性和合法性。同时，建议定期对证据进行整理和归档，以便在需要时能够及时提供。如果你还有其他关于合伙做生意或证据保留方面的疑问，欢迎随时向我咨询。