结论：村民之间土地协议书上使用“征用”一词，是否会影响法律程序，需根据协议的具体内容、签订主体、签订程序以及是否符合相关法律法规来综合判断。若协议实质内容合法且程序合规，仅用词不当通常不会直接导致协议无效，但可能引发误解或争议；若协议内容违法或程序存在瑕疵，则“征用”一词可能成为认定协议无效或可撤销的考量因素之一。
详细分析：
协议内容合法性：
- 土地“征用”与“征收”在法律上有明确区分。征用通常指国家因公共利益需要，临时使用公民、法人或其他组织的财产，并在使用后归还；而征收则是指国家为了公共利益的需要，依法将集体所有的土地转变为国有土地，并给予补偿的行为。村民之间若使用“征用”一词，但实质上是进行土地转让或调整，且内容符合相关法律法规（如《土地管理法》中关于土地流转的规定），则协议内容可能合法。
- 若协议内容违法，如未经批准擅自转让土地、改变土地用途或补偿标准明显低于法定标准等，则无论使用“征用”还是“征收”一词，协议都可能被认定为无效。
签订主体适格性：
- 村民之间签订土地协议，通常涉及的是土地流转或调整，而非真正的“征用”或“征收”。在此情况下，签订主体应为土地的使用权人或所有权人（即村民或村民集体），且需确保签订主体具有完全民事行为能力。
- 若协议涉及土地征收或征用，则签订主体应为县级以上地方人民政府或其委托的部门，村民之间直接签订此类协议可能因主体不适格而被认定为无效。
签订程序合规性：
- 村民之间签订土地协议，应遵循法定的程序和形式要求，如双方签字盖章、注明日期等。若涉及土地流转或调整，可能还需经过村民会议或村民代表会议讨论决定，并报相关部门备案或批准。
- 若签订程序存在违法情形，如未经民主议定程序、采用欺诈或胁迫手段迫使对方签订等，则协议可能因程序瑕疵而被认定为无效或可撤销。
“征用”一词的影响：
- “征用”一词在法律上具有特定含义，若村民之间协议中误用该词，但实质内容与“征用”无关，且双方对协议内容无异议，则通常不会因用词不当而直接影响协议的法律效力。
- 然而，若“征用”一词的使用导致协议内容产生歧义或误解，或成为一方主张协议无效或可撤销的理由，则可能对法律程序产生影响。例如，若一方认为协议实质是土地征收而非流转，且因此拒绝履行协议或要求更高补偿，则可能引发争议和诉讼。
实际应用指导：
- 明确协议性质：村民之间签订土地协议时，应明确协议的性质是土地流转、调整还是其他，避免使用“征用”等可能引发误解的词汇。
- 审查协议内容：仔细审查协议内容，确保其符合相关法律法规的规定，不损害国家利益、集体利益和他人合法权益。
- 遵守签订程序：严格遵守签订程序，确保程序的合规性和透明度，如经过村民会议或村民代表会议讨论决定，并报相关部门备案或批准。
- 咨询法律意见：在签订协议前，如有疑问或不确定之处，可直接向我咨询，以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，村民之间土地协议书上使用“征用”一词是否会影响法律程序，需根据协议的具体内容、签订主体、签订程序以及是否符合相关法律法规来综合判断。为确保协议的合法性和有效性，建议村民在签订协议前仔细审查协议内容并咨询法律意见。