结论：股份由法人代持后，若因经济纠纷，确实可以起诉法人，但具体能否胜诉及责任承担需根据纠纷性质、代持协议内容及相关法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、代持协议的法律效力
有效代持协议：若代持协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议有效。在此情况下，若因经济纠纷（如代持人未按约定履行义务、擅自处分股份等）起诉法人，法院会根据协议内容及实际履行情况，判决代持人承担相应的违约责任或赔偿责任。
无效代持协议：若代持协议因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗而无效（如为规避法律、行政法规的强制性规定而代持），则双方需根据过错程度承担相应的法律责任。在此情况下，起诉法人可能面临协议无效的风险，但若因代持行为给实际出资人造成损失，仍可要求代持人承担赔偿责任。
二、经济纠纷的性质
合同纠纷：若经济纠纷源于代持协议本身，如代持人未按约定支付股份收益、擅自转让股份等，则属于合同纠纷。在此情况下，起诉法人时，需提供代持协议、履行情况证明等证据，以证明代持人存在违约行为。
侵权纠纷：若经济纠纷源于代持人的侵权行为，如代持人擅自将股份质押给第三方、泄露实际出资人商业秘密等，则属于侵权纠纷。在此情况下，起诉法人时，需提供侵权行为证明、损失证明等证据，以证明代持人存在侵权行为及实际出资人因此遭受的损失。
三、法律建议
完善代持协议：为避免经济纠纷，建议在代持协议中明确双方的权利义务、违约责任、争议解决方式等条款，确保协议内容合法、有效且具有可操作性。
保留证据：在代持过程中，建议实际出资人保留与代持人之间的沟通记录、股份收益支付凭证、股份变动证明等证据，以备不时之需。
及时维权：若发生经济纠纷，建议实际出资人及时与代持人协商解决；协商无果的，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。
四、可能的法律后果
胜诉后果：若法院判决代持人承担违约责任或赔偿责任，则代持人需按照判决内容履行义务，如支付股份收益、赔偿损失等。
败诉后果：若法院判决驳回实际出资人的诉讼请求，则实际出资人需承担诉讼费用等损失，且可能无法追回因代持行为造成的损失。
总结：股份由法人代持后因经济纠纷起诉法人时，需根据代持协议的法律效力、经济纠纷的性质及提供的证据等因素综合判断。建议您在发生纠纷时及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。