关于被告没有按期支付费用时违约金的计算方式，这确实是一个涉及合同法和相关司法解释的重要问题。以下是我为您提供的详细且条理清晰的解析：
一、合同有明确约定的情况
固定金额违约金：
- 如果合同中明确规定了固定的违约金金额，例如“逾期付款需支付违约金5000元”，那么一旦被告出现逾期付款的情况，就需按照此固定金额来支付违约金。
比例计算违约金：
- 合同中也可能约定以未付款金额为基数，按一定比例来计算违约金，比如“每逾期一日，按照未付款金额的万分之五支付违约金”。在这种情况下，违约金的计算将依据未付款金额和逾期天数来确定。具体计算公式为：违约金 = 未付款金额 × 逾期天数 × 每日违约金比例。
二、合同没有约定或约定不明的情况
参照相关法律规定：
- 对于买卖合同，如果合同未约定逾期付款违约金或其计算方法，出卖人可以主张赔偿逾期付款损失。具体计算方式根据违约行为发生的时间有所不同：若违约行为发生在2019年8月19日之前，参照中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率及逾期罚息利率标准；若违约行为发生在2019年8月20日之后，则基于中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）标准，加计30%-50%来计算。
- 对于借款合同，如果既未约定借期内利率也未约定逾期利率，出借人可以主张借款人自逾期还款之日起参照当时一年期贷款市场报价利率标准计算的利息来承担逾期还款违约责任。
通过协商或司法途径确定：
- 在合同未明确约定或约定不明的情况下，双方可以通过协商达成新的违约金计算方式。如果协商不成，一方可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据案件具体情况和相关法律法规，结合公平原则来确定合理的违约金数额或计算方式。
三、违约金的调整
- 在实际操作中，如果约定的违约金过高或过低，当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少或增加。判断违约金是否过高，通常是以违约造成的损失为基础进行衡量的。如果违约金过分高于实际损失，法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求进行适当调整。
总结与建议：
综上所述，合同中未按期付款违约金的计算方式应首先遵循合同中的明确约定。在合同无约定或约定不明时，应参照相关法律规定或通过协商、司法途径来确定。同时，当事人应注意违约金的合理性，避免过高或过低的违约金。在处理此类问题时，我建议您咨询专业律师以确保您的合法权益得到妥善维护。他们可以根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律建议。