在解答您关于“肇事逃逸后申请交强险赔偿，保险公司是否会追偿肇事逃逸方的赔偿”的问题时，我们可以从以下几个方面进行详细阐述：
一、交强险的赔偿责任
根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的相关规定，交强险旨在保障交通事故受害人能够及时获得经济赔偿。在肇事逃逸的情况下，只要事故不是由受害人故意造成的，且受害人能够提供充分的证据证明交通事故确实发生以及自己的损失情况，保险公司就应当在交强险的责任限额内对受害人进行赔偿。这包括医疗费用、伤残赔偿金等合理费用。
二、保险公司的追偿权
虽然交强险的赔付并不直接受逃逸行为的影响，但保险公司在对受害人进行赔偿后，有权在特定情况下向肇事逃逸的侵权人进行追偿。这一追偿权是基于《民法典》等相关法律规定，旨在确保肇事逃逸者不能因其违法行为而逃避法律责任。具体来说，如果保险公司能够证明肇事逃逸行为与事故发生之间存在因果关系，且该行为导致了保险公司的赔偿支出，那么保险公司就有权向肇事逃逸者追讨相关费用。
三、特殊情况下的赔偿限制
故意制造事故后逃逸：如果肇事司机是故意制造事故然后逃逸，根据法律规定，这种情况下的赔偿责任应由司机自己承担全部，保险公司不会进行赔偿。
逃逸导致事故无法查清：如果因为肇事逃逸导致交警或保险公司无法查清事故的具体情况，如责任划分、损失大小等，那么保险公司可能会只赔偿部分损失。剩余部分则需要受害人和司机通过协商或其他法律途径解决。
四、实际案例与建议
以实际案例为例，假设某司机驾车肇事逃逸，造成另一方受伤，且受伤方能够提供充分的证据证明事故的真实性和自己的损失情况。在这种情况下，如果交强险责任限额足以覆盖该损失，保险公司应先向受伤方赔偿相关费用。之后，保险公司可以通过法律途径向肇事逃逸者进行追偿。
建议：对于驾驶者而言，在发生交通事故后，应第一时间报警并留在现场配合调查，以避免因逃逸而带来的不必要的法律责任和经济损失。同时，对于受害人而言，在遭遇肇事逃逸时，也应尽可能收集证据，以便后续向保险公司或侵权人主张赔偿权利。
综上所述，肇事逃逸后申请交强险赔偿，保险公司在赔偿后确实有权向肇事逃逸方进行追偿。这一规定旨在维护交通秩序和受害人的合法权益，同时也提醒驾驶者要遵守交通法规，不要因一时冲动而逃避法律责任。