核心结论：针对耕地建厂又荒废的问题，需分情况处理，主要涉及土地用途管制、行政处罚、土地复垦及民事赔偿等法律问题。以下是具体分析：

1. 耕地保护与土地用途管制
   根据《土地管理法》及《基本农田保护条例》，耕地（尤其是基本农田）受严格保护，未经批准不得擅自改变用途。若在耕地上建厂，属于非法占用农用地行为，可能面临以下后果：

   • 行政处罚：自然资源主管部门可责令限期改正（拆除建筑物、恢复土地原状），并处罚款（按非法占用土地面积计算，每平方米100元至1000元不等）；
     
   • 刑事责任：若非法占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能构成《刑法》第342条的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

2. 土地荒废的法律责任
   若工厂荒废导致土地长期闲置（超过1年未使用），根据《土地管理法》第38条，县级政府可征收土地闲置费（按土地出让或划拨价款的20%以下）；若闲置满2年，政府可无偿收回土地使用权。

   • 特殊情形：若因不可抗力或政府原因导致闲置，可申请免除责任，但需提供证据。

3. 土地复垦义务
   根据《土地复垦条例》，因生产建设活动损毁的土地，责任人（如工厂所有者）应编制复垦方案并实施复垦。若未履行，自然资源主管部门可：

   • 责令限期改正；逾期不改正的，代为复垦，费用由责任人承担；
     
   • 处以罚款（复垦费2倍以下）。

4. 民事赔偿与合同纠纷

   • 若工厂是通过租赁或承包耕地建设，出租方（村民或村集体）可要求解除合同、赔偿损失（如租金损失、土地恢复费用）；
     
   • 若工厂建设导致周边耕地污染或产量下降，受害方可依据《民法典》第1229条要求侵权赔偿。

行动建议：

1. 立即停止违法行为：若工厂仍在运营，需尽快补办农用地转用审批手续（难度极大，建议另寻合法用地）；若已荒废，应主动与自然资源部门沟通，制定复垦计划。
   
2. 协商解决：与土地权利人（村民、村集体）协商，通过补偿、土地置换等方式化解矛盾。
   
3. 法律程序：若面临行政处罚或诉讼，及时委托律师介入，审查行政行为合法性，或通过行政复议、诉讼争取权益。
   

如有进一步细节（如土地性质、建厂时间、是否取得审批等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的建议。