旧村改造中涉及的违法建筑，通常需根据违法性质、建设时间、土地性质等因素，依法分类处理，核心原则是“依法认定、分类处置、保障权益、推动改造”。具体处理方式如下：

1. 依法认定违法建筑
   首先需由城乡规划部门、自然资源部门或综合执法部门，依据《城乡规划法》《土地管理法》等法律，对建筑是否违法进行认定。认定标准包括：

   • 是否取得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证；
     
   • 是否超出批准范围建设；
     
   • 是否占用永久基本农田、生态保护红线等禁止建设区域；
     
   • 是否符合旧村改造规划要求。
     若建筑未取得合法手续或违反规划要求，将被认定为违法建筑。

2. 分类处置违法建筑
   根据违法性质和改造需求，可采取以下方式：

   • 拆除：对严重违反规划、占用公共空间或存在安全隐患的违法建筑，依法强制拆除，并恢复土地原状。
     
   • 没收：对符合土地利用总体规划但未取得合法手续的建筑，可没收违法收入或实物，并处罚款。
     
   • 补办手续：对因历史原因未取得手续但符合规划的建筑，可限期补办规划、用地等手续，并缴纳相关费用后纳入合法管理。
     
   • 临时保留：对因改造需要暂未拆除的建筑，可设定临时使用期限，期满后必须拆除。

3. 保障当事人合法权益

   • 程序合法：处置违法建筑需严格履行调查、认定、告知、听证等法定程序，保障当事人陈述、申辩权。
     
   • 补偿安置：若违法建筑涉及当事人唯一住房或实际居住需求，需在改造中统筹考虑补偿安置，避免“一刀切”导致民生问题。
     
   • 历史遗留问题处理：对因政策衔接、行政许可缺失等原因形成的违法建筑，可结合当地政策给予合理过渡期或补偿。

4. 推动旧村改造整体进度

   • 协商优先：对可整改的违法建筑，鼓励当事人自行整改或配合拆除，减少行政成本。
     
   • 司法保障：对拒不配合的当事人，可通过申请法院强制执行等方式推进改造，但需确保程序合法、证据充分。
     
   • 政策衔接：将违法建筑处置与旧村改造规划、土地利用、产业发展等政策衔接，避免“为拆而拆”，实现改造目标。

若您遇到旧村改造中违法建筑处置的具体问题，如认定争议、补偿纠纷或程序合法性等，可直接向我咨询，我会结合当地政策与法律条款为您详细分析。