针对您提出的“村书记违章建筑该怎么处理”这一问题，我们可以从法律程序和实际操作两个层面来详细解答。
一、法律程序层面
调查认定与立案
- 初步核查：首先，需要由村委会、乡镇政府或相关执法部门在日常巡查中发现，或通过村民举报得知可能存在的违章建筑。一旦发现，应立即前往现场进行初步核查，了解建筑的基本情况，包括位置、规模、用途和建设时间等。
- 详细调查：执法人员将进行详细调查，制作现场检查笔录，进行现场勘验，并收集相关证据，如现场照片、视频、询问笔录等。同时，查阅审批档案，确认建筑是否办理了合法的用地和建设手续。
- 认定违章性质：根据收集的证据和相关法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》，确定该建筑是否属于违章建筑。常见的违章情形包括未取得乡村建设规划许可证、超过批准面积建设、在禁止建设区域建设等。
责令整改与处罚
- 下达停建与整改通知：对于正在进行的违法建设，执法部门会立即下达停止建设的通知。对于已建成的违章建筑，会下达《责令限期改正通知书》或《责令停止违法行为通知书》，要求当事人在规定期限内自行拆除或整改，并告知其违反的具体法律法规条款。
- 宣传教育：在下达通知的同时，向当事人宣传相关法律法规和政策，解释违章建筑的危害和自行整改的必要性，争取当事人的理解和配合。
- 罚款处理：对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的违章建筑，除了责令限期改正外，还可能并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
催告与强制执行
- 催告自拆：如果当事人在规定的期限内未自行拆除或整改，执法部门会下达《催告书》，再次督促其履行义务，并告知其享有的陈述、申辩权利。
- 申请法院介入与执行：若催告无果，执法部门可以申请人民法院强制执行拆除工作。法院下达限时自拆通知到期后，若当事人仍未拆除，执法部门将依照法律流程进行强制拆除，确保拆除过程符合法定程序和安全要求。
二、实际操作层面（针对村书记）
主动报告与配合调查
- 作为村书记，如果发现自身或相关人员存在违章建筑行为，应主动向上级政府部门报告，并积极配合调查工作，提供真实、准确的信息和证据。
执行整改要求
- 根据上级部门的调查结果和整改要求，村书记需积极向违建当事人（包括自己，如果涉及）传达这些要求，并监督其按时完成整改。如果涉及自身违建，更应以身作则，带头执行整改。
协助强制拆除（如需）
- 若当事人拒不执行整改要求，上级部门决定强制拆除时，村书记需协助做好相关工作，包括提前做好周边村民的解释工作，避免引发不必要的矛盾和误解；在拆除过程中，维护现场秩序，确保拆除工作顺利且安全地进行。
建立长效管理机制
- 村书记应推动建立健全村庄的日常巡查制度，加强对村民的法律法规和政策宣传教育，提高村民的法律意识和规划意识。同时，积极参与村庄规划的编制和完善工作，为村民的合法建设提供明确的指导和依据。
三、特殊情况处理
- 占用耕地建房：对于未经批准非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。村书记应积极配合相关部门的工作，确保处理到位。
- 村集体以外人员违建：对于村集体以外的人或企业在本村土地上违法建筑，如果没有依法征用程序并取得使用权，该类建筑也将被视为违法建筑，并按照上述流程进行处理。村书记应协助执法部门做好相关工作。
四、注意事项
- 保障当事人权益：在整个处理过程中，当事人有权进行申辩和听证，以维护自己的合法权益。村书记应确保程序的透明性和公正性，不偏袒任何一方。
- 合法合规执行：执法部门在处理违章建筑时必须严格遵循相关法律法规，确保每一步骤都符合法律规定。村书记作为村庄的领导者，更应带头遵守法律，确保处理过程的合法性和正当性。
综上所述，处理村书记（或任何村民）的违章建筑需要遵循严格的法律程序，并根据具体情况采取相应的处理措施。在整个过程中，既要确保法律的严肃性和权威性，又要充分保障当事人的合法权益。