药品违法所得的计算是一个涉及法律法规和具体执行情况的问题。以下是对药品违法所得计算方式的详细解答：
一、法律依据
药品违法所得的计算主要依据《中华人民共和国药品管理法》及其实施条例，以及相关的行政处罚规定。这些法律法规明确规定了生产、销售假药、劣药等违法行为的法律责任，包括没收违法所得和罚款等处罚措施。
二、违法所得的定义
违法所得通常指的是违法行为人因实施违法行为所获得的全部收入，但在具体计算时，可能会扣除直接用于经营活动的适当合理支出后的剩余部分。在药品案件中，这一概念的具体应用会根据不同情况有所调整。
三、计算方法
一般情况：
- 违法所得等于实施违法行为的全部经营收入，不扣除合法成本或税收。这种方式带有惩罚性，旨在让当事人承担超过其获利的处罚责任。
特殊情况：
- 对于某些特定情况，如药品经营企业、医疗机构未违反相关规定，并有充分证据证明其不知道所销售或使用的药品是假药、劣药的，违法所得则以售出价格与购入价格的差价进行计算。这种方式更为合理，因为此时企业或个人无主观违法恶意。
- 如果违法行为人无法提供准确的收入和支出凭证，执法部门可能会根据市场价格、行业平均水平等因素进行估算。
- 对于持续性的违法行为，违法所得可能按照一段时间内的平均销售额来计算。
四、注意事项
- 排除应退赔的部分：根据行政处罚法的规定，违法所得应排除应退赔的部分。即如果违法销售药品取得的款项已按规定退赔给消费者，则不应再作为违法所得被没收。
- 数据的真实性和准确性：在计算违法所得时，应确保数据的真实性和准确性，避免虚报或瞒报。执法部门在作出处罚决定前，通常会告知违法行为人有权进行陈述和申辩，并听取其意见。
综上所述，药品违法所得的计算是一个复杂而细致的过程，需要根据具体法律法规和案件情况进行综合判断。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规的规定，确保计算的准确性和公正性。