卖假药的违法所得计算方式为实际销售金额减去成本及合理支出后的纯利润，罚金则根据违法情节在违法所得的一倍至五倍之间确定，情节特别严重的可处违法所得五倍以上十倍以下罚金，或直接按销售额的30%以下确定罚金数额。具体分析如下：

1. 违法所得的计算
   违法所得是指通过销售假药实际获得的非法收入，计算时需扣除直接成本（如进货成本、运输费用等）和合理支出（如必要的包装费用），但不得扣除税费、罚款等非经营性支出。例如，若销售假药收入10万元，进货成本4万元，运输费1万元，则违法所得为5万元（10万-4万-1万）。
   若无法查清实际销售金额，司法机关可能根据假药数量、销售价格、库存情况等综合推定违法所得，或直接以销售额作为违法所得的认定基础。

2. 罚金的确定规则
   根据《刑法》第141条及司法解释，罚金数额需结合违法情节严重程度判定：

   • 一般情节：罚金为违法所得的1倍至5倍。例如，违法所得5万元，罚金可能在5万至25万元之间。
     
   • 情节特别严重（如造成严重后果、涉及特殊人群用药等）：罚金可提高至违法所得的5倍以上10倍以下，或直接按销售额的30%以下确定。例如，销售额100万元，罚金最高可达30万元。
     
   • 特殊情形：若违法所得难以计算，司法机关可能根据假药数量、销售范围、危害后果等自由裁量罚金数额，但需确保罚金与犯罪情节相适应。

3. 实务中的关键点

   • 证据收集：违法所得的认定依赖销售记录、财务凭证、证人证言等证据，若证据不足可能导致违法所得被低估或高估。
     
   • 从轻情节：若存在自首、立功、退赃等情节，可能影响罚金数额，但需以司法机关最终认定为前提。
     
   • 行政处罚与刑事处罚的衔接：若同时涉及行政处罚（如市场监管部门罚款），刑事罚金可能独立计算，但需避免重复处罚。

建议：若涉及具体案件，需结合假药类型、销售规模、危害后果等综合分析，建议提供详细信息以便进一步评估法律风险。