企业存在违法行为时，清洁生产处理需结合违法类型、情节严重程度及法律规定综合判断，核心处理原则为“停止违法行为、整改达标、承担法律责任”。具体处理方式需分情况讨论：

1. 若违法行为涉及清洁生产本身（如未依法开展清洁生产审核、未实施清洁生产方案）

• 法律后果：根据《清洁生产促进法》第39条，企业未依法开展清洁生产审核的，由生态环境主管部门责令限期改正；拒不改正的，处以5万元以上50万元以下罚款。若未实施清洁生产方案或未公开相关信息，同样可能面临行政处罚。
• 处理方式：
  1. 立即整改：企业需在规定期限内完成清洁生产审核（可委托第三方机构），并制定、实施清洁生产方案；
  2. 主动报告：向生态环境主管部门提交整改报告，说明整改措施及完成时间；
  3. 配合调查：若已被立案调查，需积极配合行政程序，避免因抗拒执法加重处罚。

2. 若违法行为与清洁生产无关（如超标排污、未批先建等），但需通过清洁生产整改减轻环境影响

• 法律关联：根据《环境保护法》第6条，企业需采取清洁生产措施减少污染物排放。若违法行为导致环境损害，清洁生产整改可作为减轻处罚或修复环境的依据。
• 处理方式：
  1. 同步整改：在处理违法行为的同时，启动清洁生产审核，优化生产工艺、淘汰落后设备，降低污染物产生量；
  2. 申请听证或复议：若行政处罚决定中涉及清洁生产要求（如限期整改期限），企业可依法申请听证或行政复议，主张合理整改时间；
  3. 环境修复合作：与生态环境主管部门签订环境修复协议，将清洁生产措施纳入修复方案，争取从轻处理。

3. 若违法行为已导致刑事责任（如污染环境罪）

• 法律后果：根据《刑法》第338条，严重污染环境可能构成犯罪，企业直接负责的主管人员和其他责任人员可能被追究刑事责任。
• 处理方式：
  1. 刑事合规整改：在侦查阶段或审查起诉阶段，企业可申请启动企业合规不起诉程序，通过制定并实施清洁生产合规计划（如建立环境管理体系、定期审计），争取不起诉或从宽处理；
  2. 民事赔偿与修复：主动承担环境修复费用，通过清洁生产技术减少长期污染风险，作为量刑情节；
  3. 内部追责：对导致违法行为的直接责任人进行内部处分，完善企业环境管理制度。

关键建议

1. 区分违法类型：清洁生产问题可能单独构成违法（如未审核），也可能与其他违法（如超标排污）并存，需针对性处理；
2. 重视程序合规：整改过程中需保留审核报告、方案实施记录等证据，避免因程序瑕疵被认定为“拒不改正”；
3. 主动沟通：与生态环境主管部门保持沟通，说明整改进展，争取政策支持（如技术改造补贴）。

如需进一步分析具体违法情形或整改方案，可直接向我咨询。