结论：交通肇事逃逸后，被害人申请交强险赔付，法院计算金额时是否扣除赔偿金需分情况讨论，具体如下：

1. 交强险的赔付范围与原则
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条，交强险的赔付以“无过错责任”为原则，即无论肇事方是否有过错，保险公司均需在限额内对被害人的人身伤亡和财产损失进行赔偿。但若肇事方存在“逃逸”等法定免责情形，保险公司仅对“人身伤亡”部分承担垫付责任，并有权向肇事方追偿；对“财产损失”则完全免责。
   关键点：逃逸不导致交强险对人身伤亡赔偿的完全免除，但财产损失可能被扣除。

2. 法院计算赔偿金时的扣除情形

   • 人身伤亡赔偿：法院通常不会因逃逸直接扣除交强险对人身伤亡的赔偿金额（如医疗费、死亡伤残赔偿等），但若被害人存在过错（如未系安全带导致损伤扩大），可能按过错比例分担责任，间接减少最终获赔金额。
     
   • 财产损失赔偿：若肇事方逃逸，保险公司对财产损失（如车辆维修费）不承担赔偿责任，法院会直接扣除交强险财产损失限额（2000元），由肇事方自行承担。
     
   • 商业险部分：若肇事方购买了商业三者险，逃逸通常属于商业险免责条款，法院会扣除商业险应赔部分，由肇事方个人赔偿。

3. 逃逸对赔偿的间接影响
   即使交强险对人身伤亡赔偿不因逃逸扣除，肇事方仍需承担以下风险：

   • 保险公司垫付后，会向肇事方追偿全部赔偿款；
     
   • 肇事方可能面临行政处罚（如吊销驾照、拘留）或刑事责任（如交通肇事罪），进而影响民事赔偿的履行能力；
     
   • 若被害人提起刑事附带民事诉讼，肇事方需直接赔偿全部损失（包括交强险未覆盖部分）。

建议：若您是被害人，可优先通过交强险申请人身伤亡赔偿，并保留向肇事方追偿财产损失的权利；若您是肇事方，逃逸会显著加重法律责任，建议尽快自首并协商赔偿，以减少间接损失。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。