在违建执法权收回后，对于正在进行中的违建程序，一般应遵循以下原则和步骤来处理：
确认执法权转移的具体情况：
- 首先，需要明确违建执法权是从哪个部门转移到了哪个部门，以及转移的具体时间点。这通常可以通过政府公告、相关部门的通知或文件来确认。
- 确认执法权转移后，新的执法部门将接管原有的违建查处工作，包括正在进行中的程序。
新执法部门接管并继续程序：
- 新执法部门在接管后，应继续对正在进行中的违建程序进行审查和处理。这包括继续调查、取证、制作法律文书等。
- 如果原执法部门已经完成了部分程序，如已经发出了责令停止建设通知书或限期拆除决定书等，新执法部门应认可这些文书的效力，并在此基础上继续后续程序。
遵循法定程序和时限：
- 新执法部门在处理违建案件时，必须严格遵守法定程序和时限。这包括给予当事人陈述、申辩的权利，依法组织听证（如果当事人要求），以及在法定期限内作出行政处罚决定等。
- 如果新执法部门在接管后发现原执法部门在程序上存在瑕疵或违法行为，应及时予以纠正，并确保整个程序的合法性和公正性。
考虑当事人的合法权益：
- 在处理违建案件时，新执法部门应充分考虑当事人的合法权益，确保行政处罚的合法性和合理性。
- 如果当事人对行政处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，新执法部门应积极配合复议机关或法院的审查工作。
加强部门间的沟通与协作：
- 在违建执法权转移过程中，原执法部门和新执法部门应加强沟通与协作，确保程序的连续性和稳定性。
- 原执法部门应向新执法部门提供必要的案件资料和协助，确保新执法部门能够顺利接管并继续处理案件。
针对具体情况的建议：
- 如果当事人正在配合原执法部门处理违建案件：当事人应继续配合新执法部门的工作，按照新执法部门的要求提供必要的资料和证据，并积极参与后续的程序。
- 如果当事人对原执法部门的处理有异议：当事人可以在新执法部门接管后，向新执法部门提出陈述、申辩或申请听证等权利，以维护自己的合法权益。
- 如果当事人已经收到了原执法部门的行政处罚决定书：当事人应认真阅读决定书的内容，并在法定期限内履行决定书所确定的义务。如果对决定书不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。