结论：顶楼遛狗并清理粪便的行为是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及物业管理规定、公共区域使用规则及侵权责任等方面。以下从不同角度详细分析：

1. 物业管理规定与公共区域使用

• 合法性前提：若顶楼属于小区公共区域（如屋顶平台），其使用需遵守物业管理规定。根据《民法典》第二百七十八条，改变共有部分的用途或利用共有部分从事经营活动，需经专有部分面积占比三分之二以上的业主且人数占比三分之二以上的业主参与表决，并经参与表决专有部分面积过半数的业主且参与表决人数过半数的业主同意。
• 遛狗行为：若物业管理规定允许业主在顶楼遛狗，且未对宠物活动作出限制（如禁止大型犬、需拴绳等），则遛狗行为本身合法。但若规定禁止宠物进入顶楼或要求特定时段使用，则违反规定可能构成违约。
• 粪便清理：清理粪便属于宠物主人的法定义务。根据《民法典》第一千二百五十一条，饲养动物应当遵守法律法规，尊重社会公德，不得妨碍他人生活。若未清理粪便导致环境污染或他人滑倒受伤，可能承担侵权责任。

2. 侵权责任风险

• 对其他业主的侵权：若遛狗行为导致顶楼设施损坏（如踩踏绿化、刮伤地面），或粪便未清理影响他人使用，可能构成对其他业主共有权或相邻权的侵害。根据《民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
• 对物业的侵权：若顶楼为物业专用区域（如设备层），未经许可进入遛狗可能构成对物业管理权的侵害，物业有权要求停止侵害并赔偿损失。

3. 特殊情形：顶楼为业主专有部分

• 若顶楼属于某业主专有部分（如复式住宅的屋顶花园），则该业主有权决定是否允许他人遛狗。但需注意：
  • 相邻权限制：根据《民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。若遛狗行为产生噪音、异味等影响相邻业主正常生活，可能被要求限制或停止。
  • 合同约定：若购房合同或物业管理协议中明确约定专有部分的使用限制（如禁止宠物进入），则需遵守约定，否则可能构成违约。

4. 法律建议

• 行动前确认：遛狗前应确认顶楼性质（公共区域/专有部分）及物业管理规定，避免违规。
• 文明遛狗：始终拴绳、清理粪便、避免高峰时段使用，减少对他人影响。
• 纠纷处理：若因遛狗引发纠纷，可先与物业或业主协商；协商不成，可收集证据（如照片、视频、证人证言）通过诉讼或调解解决。

总结：顶楼遛狗并清理粪便的合法性取决于顶楼性质、物业管理规定及是否侵害他人权益。建议优先遵守规定、文明养宠，以降低法律风险。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。