结论：买了农民的自建房，只有协议合同，拆迁后是否能得到补偿款，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、合同效力与产权归属
合同效力：
- 如果买卖双方签订的协议合同是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该合同是有效的。这意味着，从合同法的角度来看，买方有权依据合同要求卖方履行相关义务。
产权归属：
- 农民自建房的土地性质通常是集体所有，且可能涉及宅基地使用权。根据相关法律法规，宅基地使用权一般仅限于本集体经济组织成员享有，且不得随意转让。如果买方并非该集体经济组织成员，那么其购买农民自建房的行为可能面临产权归属上的法律障碍。
- 如果买方能够成功办理产权过户手续（尽管在实际情况中这可能非常困难），那么拆迁时买方作为产权人自然有权获得补偿款。
二、拆迁补偿政策与实际操作
拆迁补偿政策：
- 拆迁补偿政策通常由地方政府制定，并会明确补偿的对象、标准、方式等。在大多数情况下，拆迁补偿是针对产权人的。因此，如果买方未能成为产权人，那么其获得补偿款的可能性就会大大降低。
实际操作中的变通：
- 在实际操作中，如果买卖双方能够就拆迁补偿事宜达成一致，并签订相关协议，那么买方也有可能获得部分或全部补偿款。但这种变通做法需要双方协商一致，且可能面临法律风险。例如，如果卖方在拆迁后反悔，买方可能难以通过法律途径维护自己的权益。
三、法律风险与建议
法律风险：
- 购买农民自建房存在较大的法律风险，包括但不限于合同无效、产权纠纷、拆迁补偿纠纷等。这些风险可能导致买方无法获得预期的补偿款，甚至可能面临经济损失和法律纠纷。
建议：
- 谨慎购买：在购买农民自建房前，买方应充分了解相关法律法规和政策，评估法律风险，并谨慎决策。
- 完善合同：如果决定购买，买方应与卖方签订详细、完善的买卖合同，明确双方的权利义务、产权归属、拆迁补偿等事项。
- 咨询专业律师：在签订合同前和拆迁过程中，买方应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到保障。
举例说明：假设买方张三购买了农民李四的自建房，并签订了买卖合同。但张三并非该集体经济组织成员，且未能办理产权过户手续。后来，该房屋被纳入拆迁范围。在这种情况下，张三可能难以直接获得拆迁补偿款。但如果张三与李四能够就拆迁补偿事宜达成一致，并签订相关协议，那么张三有可能通过李四获得部分或全部补偿款。然而，这种做法存在法律风险，因为李四可能在拆迁后反悔或拒绝履行协议。
总结：买了农民的自建房只有协议合同，拆迁后是否能得到补偿款取决于多种因素，包括合同效力、产权归属、拆迁补偿政策以及买卖双方之间的协商等。因此，在购买农民自建房时，买方应充分了解相关法律法规和政策，评估法律风险，并谨慎决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。