村集体拆迁补偿协议的签订单位通常是村集体经济组织与拆迁方（如政府征收部门或开发商），具体签订主体需根据拆迁性质和地方规定确定。以下分情况详细说明：

1. 集体土地征收拆迁
   若因公共利益（如修路、建学校）征收村集体土地，拆迁补偿协议一般由县级以上人民政府土地行政主管部门（如自然资源局）与村集体经济组织签订。村集体作为土地所有权人，代表全体村民行使权利，协议内容需经村民会议或村民代表会议讨论通过。

2. 城中村改造或商业开发拆迁
   若由开发商主导的商业项目拆迁，协议签订方为开发商与村集体经济组织。但需注意：

   • 开发商需取得合法拆迁许可（如《房屋拆迁许可证》）；
     
   • 协议需符合地方拆迁补偿标准，且不得损害村民合法权益；
     
   • 部分地区要求协议需经政府备案或公证。

3. 特殊情形

   • 村集体自主改造：若村集体利用自有资金改造，可能直接与村民签订补偿协议，但需符合《村民委员会组织法》规定的民主程序。
     
   • 代理签订：部分地区允许村委会代签，但需出具村民授权委托书，且补偿款需专款专用，接受村民监督。

关键提醒：

• 协议签订前，村集体应公示补偿方案，确保村民知情权；
  
• 村民对协议内容有异议的，可要求召开村民会议重新审议；
  
• 若发现协议违法（如补偿低于标准、程序违规），可向当地政府或法院申请撤销。
  

如有具体协议条款或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在省份的法规进一步分析。