在已作出事实不清无罪判决后，若发现新证据，可通过以下两种途径处理：

1. 申请法院启动再审程序
   根据《刑事诉讼法》第253条，若新证据能证明原判决、裁定“确有错误”，法院应当重新审判。具体条件包括：

   • 证据性质：新证据需为“新的证据”，即原判决生效前已存在但未被发现，或因客观原因无法取得，或在判决后才发现的证据（如新出现的证人证言、物证、鉴定意见等）。
     
   • 证明力要求：新证据需足以推翻原判决认定的“事实不清”状态，例如直接证明被告人有罪或无罪的关键事实。
     
   • 申请主体：当事人（被告人、被害人）及其法定代理人、近亲属，或检察院（若发现新证据）均可向法院或检察院提出申诉。
     
   • 程序流程：法院审查申诉后，若认为符合再审条件，会裁定再审；检察院认为需要再审的，可向法院提出抗诉。再审期间，原判决暂不执行。

2. 通过检察院抗诉启动再审
   若新证据由检察院发现（如通过补充侦查或自行调查），检察院可直接向法院提出抗诉，要求再审。此时法院必须启动再审程序，重新审理案件。

   • 关键点：检察院抗诉的门槛通常低于当事人申诉，因其作为法律监督机关，对证据的审查更严格。若检察院认为新证据足以改变原判决，抗诉成功率较高。

注意事项：

• 时效限制：再审申请无严格时效限制，但需在“发现新证据”后尽快提出，避免因拖延影响证据效力。
  
• 证据固定：新证据需通过合法程序收集（如公证、鉴定、证人出庭等），否则可能被认定为“非法证据”而被排除。
  
• 结果不确定性：再审可能维持原判、改判有罪或无罪，具体取决于新证据的证明力及案件整体事实。

建议：若您掌握新证据，建议立即委托律师协助整理证据材料，撰写申诉书或抗诉意见书，并跟进法院/检察院的审查进度。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。