结论前置：公司拥有两个公章的合法性并非绝对，而是取决于这两个公章的具体使用情况及是否符合相关法律法规的规定。一般而言，公司应仅拥有一个经过合法备案的公章，但在特定且合规的情况下，公司可能拥有多个合法公章。

法律依据与公章的唯一性要求

根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》等相关法规，企业事业单位的印章具有唯一性和权威性，它代表单位的意志，是单位对外进行意思表示的法定凭证。公司公章原则上只能有一个，并且这个公章需要到公安机关指定的刻章单位刻制，并在公安机关进行备案，以确保其合法性和有效性。

特殊情况下的多个公章

尽管公司公章原则上应具有唯一性，但在某些特殊情况下，公司可能拥有多个印章，这些印章在特定范围内使用并具有法律效力。例如：

1. 专用章：公司可能因业务需要而刻制合同专用章、财务专用章等，这些印章在各自规定的范围内使用，如合同专用章用于签订合同，财务专用章用于财务收支等。这些专用章也需要在相关部门进行备案，以确保其合法性。

2. 新旧公章并存：若因公章损坏、遗失或需要更新等原因，公司需要重新刻制新公章。在旧公章按规定封存或销毁之前，可能短时间内会同时存在新旧两个公章。但这种情况必须遵循严格的程序和规定，如及时公告旧公章作废、确保新公章的合法备案等。

法律风险与合规建议

1. 法律风险：如果公司未经合法备案程序私自刻制并使用第二个公章，这将构成违法行为。公司可能会面临公安机关的行政处罚，并且在合同签订、文件签署等场景下引发合同效力的争议。这不仅会给交易相对方带来困惑和风险，也容易引发纠纷，损害公司的声誉和利益。

2. 合规建议：

   • 确保合法备案：公司应确保所有使用的公章都已经过合法的备案程序，并在使用过程中严格遵守相关法律法规和公司内部规定。
   • 建立公章管理制度：公司应建立完善的公章管理制度，明确公章的使用范围、权限和责任。这有助于确保公章的安全、合规使用，防止公章被滥用或盗用。
   • 及时公告与更新：如果公司需要更换公章或刻制新的专用章，应及时公告旧公章作废，并确保新公章的合法备案和及时更新。

后续行动建议

如果您对公司公章的使用和管理有任何疑问或担忧，或者您发现公司存在未经合法备案程序私自刻制并使用第二个公章的情况，建议您及时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供准确的法律意见和指导，帮助您解决法律问题，确保公司的合法权益得到保障。