一个单位有两个公章，在未经法定程序的情况下，通常是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、公章的法律地位与重要性
公章是公司或单位对外行使权力、进行民事活动的重要代表标识，具有唯一性和法定性。它代表着公司或单位的意志，是确认文件、合同等法律文书真实性和有效性的关键。因此，公章的使用和管理受到法律的严格监管。
二、相关法律法规依据
《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条：
- 伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，将面临处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
- 这意味着，如果单位未经法定程序擅自刻制两个公章，即使这些公章并非伪造或变造，但未经备案和许可，也可能被视为违法行为，受到相应的行政处罚。
公章备案制度：
- 公司或单位的公章需根据公司法到公安局指定的定点刻字社制作，并确保每个公章都是独一无二的，且经过备案。这是为了保障公章的合法性和唯一性，防止公章被滥用或盗用。
三、擅自刻制两枚公章的后果
法律责任追究：
- 单位未经法定程序擅自刻制两个公章，属于伪造、变造企业印章的行为（即使两个公章都是真实的，但未经备案和许可，也可能被视为变造行为的一种），将扰乱公司管理秩序和经济秩序。
- 一旦因使用多刻的公章引发纠纷，该公章所产生的行为效力可能不被认可，单位还可能因此面临法律责任追究，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
内部管理混乱：
- 多个公章的存在易导致管理失控，可能出现公章被盗用、滥用等情况，给单位带来经济损失和法律纠纷。
- 同时，这也可能引发交易对手方对单位信用和履约能力的质疑，损害单位的商誉。
四、特殊情况下的合法性
在特定情形下，单位可能存在多个“公章类”印章，但需满足以下条件：
法定备案要求：
- 所有印章均需依法备案，包括公章、财务章、合同章等。这是确保印章合法性和唯一性的关键。
用途明确区分：
- 不同印章的使用范围需严格限定，例如财务章仅用于财务事务，合同章仅用于合同签订。这有助于防止印章被滥用或混淆。
内部管理制度健全：
- 单位需建立完善的印章管理制度，确保印章使用的合规性和安全性。这包括印章的刻制、使用、保管等各个环节的严格管理。
五、合规建议
严格遵守法律法规：
- 单位应确保公章的合法性和规范性，遵守相关刻制和使用规定。不要擅自刻制多个公章，以免引发法律纠纷。
加强内部管理：
- 建立健全公章管理制度，明确公章的刻制、使用、保管流程。加强对公章使用人员的培训和管理，防止公章被盗用或滥用。
及时报告与处理：
- 一旦发现存在两枚公章的情况，应立即向相关部门报告，并配合调查处理。及时采取措施消除法律风险，防止事态扩大。
总结来说，一个单位有两个公章，在未经法定程序的情况下，通常是违法的。单位应严格遵守相关法律法规，确保公章的合法性和唯一性。如有任何关于公章的疑问或需求，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。