合同双方盖章在符合相关法律规定和程序的前提下，是有效的。以下从多个角度为你详细分析：

合同章的法律地位与效力

合同章是公司在对外签订合同时使用的专门印章，用于确认合同内容并代表公司的意志。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里的“盖章”明确包括加盖合同章。依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。因此，合同章在法律上具有明确的地位，其加盖的合同在满足合同生效条件时，即具备法律效力。

合同章有效使用的条件

1. 合法备案与授权：合同章必须经过合法备案和授权使用，未经合法程序擅自刻制或使用的合同章可能不具备法律效力。企业应通过正规渠道刻制合同章，并确保其使用受到严格的内部控制和监管。例如，某公司员工私自刻制合同章并用于签订合同，该合同可能因合同章不合法而无效。
2. 合同内容合法性：加盖合同章的合同内容应符合法律法规的规定，不存在欺诈、胁迫、恶意串通等导致合同无效或可撤销的情形。合同内容应真实、合法、有效，不违背公序良俗。比如，甲乙双方签订协议约定以非法手段获取竞争对手的商业秘密并进行共享，尽管加盖了合同章，但由于内容违法，该协议无效。
3. 真实意思表示：盖章行为应当是公司真实的意思表示。如果能证明盖章是在违背公司真实意愿、被误导或被强迫的情况下进行的，可能影响合同的效力。例如，甲公司员工在受到乙公司威胁的情况下，使用公司合同章签订合同，甲公司事后不予认可，则该合同可能无效。

合同章与公章的关系

1. 公章的法律地位：公章是法人权利的象征，代表着公司整体意志，具有最高的法律效力。
2. 同等效力：在签订合同领域，合同章与公章具有同等效力。只要是公司真实意思表示，加盖公章或合同章的合同均对公司产生法律约束力。不过，在实际商业活动中，由于交易习惯或相对方要求的不同，可能会更倾向于接受加盖公章的合同，因为公章代表着公司更全面的授权和确认。但在专业性较强、频繁签订合同的行业中，合同章的使用也极为常见。
3. 司法实践认可：在司法实践中，对于加盖公章或合同章的合同，法院通常都予以认可其效力。

使用合同章的其他注意事项

1. 内部制度与授权规则：合同章的运用必须严格遵循所在单位的内部制度与相关授权规则，防止伪造、篡改或未经授权使用。企业应建立健全合同章管理制度，确保合同章的安全使用和有效管理。
2. 综合考量因素：合同的法律效力不仅取决于是否加盖了合同章，还受到合同内容、双方当事人的真实意愿、合同成立条件等多种因素的影响。因此，在签订合同时，应综合考虑各种因素，确保合同的合法性和有效性。

建议：在签订合同时，要确保合同章的真实性和合法性，以及盖章行为的授权性。为更加保险和规范，建议在盖章的同时还有相关人员的亲笔签字并署名日期。如果你在合同纠纷方面还有其他疑问，可以直接向我咨询。