在轻伤二级案件中，调解可以由公安机关、人民检察院、人民法院以及人民调解委员会根据案件具体情况组织进行。以下是对这一问题的详细分析：
一、调解主体及阶段
公安机关：
- 阶段：主要在侦查阶段进行调解。
- 适用情况：适用于亲友、邻里、同事、在校学生之间因琐事发生的伤害案件，且情节较轻。
- 调解目的与效果：通过调解化解矛盾，避免矛盾激化，提高诉讼效率。若双方达成和解协议并履行，公安机关可根据情况对犯罪嫌疑人从轻、减轻或免除处罚。
人民检察院：
- 阶段：在审查起诉阶段进行调解。
- 调解职责：若双方能够和解，且犯罪嫌疑人已赔偿被害人损失并取得谅解，人民检察院可依法作出不起诉决定。
人民法院：
- 阶段：在审判阶段，包括一审和二审，进行调解。
- 调解方式：在审理附带民事诉讼案件时进行调解。
- 调解效果：双方达成调解协议并履行后，被告人可能获得从轻处罚。同时，被害人能及时获得赔偿。
人民调解委员会：
- 介入方式：可由当事人申请或公安机关、人民法院等部门委托进行调解。
- 调解优势：利用丰富的群众工作经验和法律知识，以中立立场促进纠纷解决。
二、调解的注意事项
- 并非所有案件都适合调解：对于性质恶劣、情节严重或社会影响较大的案件，即使双方愿意调解，也可能无法获得从轻、减轻或免除处罚的结果。
- 严格依法处理：在处理轻伤二级案件时，需综合考虑各种因素，并严格按照法律规定进行处理，确保公平正义。
三、实际案例分析
以甲和乙因排水问题发生冲突，甲将乙打成轻伤二级为例：
- 在侦查阶段，公安机关可组织双方进行调解，促使甲向乙赔礼道歉并赔偿损失，乙对甲表示谅解。若调解成功，公安机关可对甲从轻、减轻或免除处罚。
- 若案件进入审查起诉阶段，人民检察院可继续组织调解。若双方和解且甲已赔偿乙损失，人民检察院可依法对甲作出不起诉决定。
- 若案件进入审判阶段，人民法院可在审理附带民事诉讼时组织调解。若双方达成调解协议并履行，法院可对甲依法从宽处罚。
四、法律建议
- 及时寻求调解：在轻伤二级案件中，及时寻求调解有助于化解矛盾，避免矛盾升级，同时可能获得从轻、减轻或免除处罚的机会。
- 保留证据：在调解过程中，双方应保留好相关证据，如医疗记录、赔偿凭证等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：虽然本回答已提供了全面的法律分析，但每个案件的具体情况可能有所不同。因此，在调解过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
综上所述，轻伤二级案件的调解是一个涉及多个主体和阶段的复杂过程。各调解主体应根据案件具体情况和法律规定，积极组织调解工作，以促进矛盾化解和社会和谐稳定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。