结论：商家在提供服务后五年再怀疑款项来源合法性，从法律和实际操作的角度来看，通常没有必要且可能面临诸多不利因素。以下从多个角度进行详细分析：

1. 诉讼时效的角度：

   • 在一般的合同纠纷或民事纠纷中，诉讼时效是一个重要的法律概念。它规定了权利人在一定时间内必须行使权利，否则将丧失胜诉权。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“款项来源合法性”的诉讼时效，但通常这类争议会与合同履行、款项支付等紧密相关，从而受到诉讼时效的约束。
   • 假设此情境下的争议与合同履行有关，且适用一般的民事诉讼时效（如三年，具体根据当地法律可能有所不同），那么商家在五年后才提出质疑，很可能已经超过了诉讼时效，导致其无法通过法律途径有效维护自身权益。

2. 证据收集与保存的角度：

   • 随着时间的推移，证据可能会逐渐灭失或变得难以收集。商家在五年后才怀疑款项来源合法性，很可能已经错过了收集关键证据的最佳时机。
   • 例如，如果商家当时未保留与款项支付相关的凭证、记录或通信，那么现在再试图证明款项来源的合法性或非法性将变得极为困难。

3. 商业信誉与关系的角度：

   • 商家在提供服务后长时间不提出款项来源的质疑，而在五年后突然提出，这可能会对其商业信誉造成负面影响。客户可能会认为商家缺乏诚信或故意找茬，从而损害双方之间的商业关系。
   • 在商业活动中，维护良好的商业信誉和关系至关重要。商家应谨慎处理此类争议，避免不必要的法律纠纷和商业损失。

4. 实际操作与成本的角度：

   • 即使商家认为有必要对款项来源的合法性进行调查，也需要考虑实际操作中的成本和效益。调查可能需要投入大量的人力、物力和财力，而最终的结果可能并不如商家所愿。
   • 此外，如果商家选择通过法律途径解决争议，还将面临诉讼费用、律师费用等额外成本。这些成本可能远远超过商家通过调查或诉讼所能获得的收益。

建议：

• 商家在提供服务后，应尽快与客户确认款项的支付情况和来源，确保双方对款项的合法性有明确的共识。
• 如果商家对款项来源存在疑问或担忧，应及时与客户沟通并寻求解决方案，避免拖延时间导致问题复杂化。
• 在商业活动中，商家应注重维护良好的商业信誉和关系，避免因不必要的争议而损害自身利益。

如有任何进一步的法律疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。