关于顶岗协议是否需要盖章的问题，这主要取决于协议的具体要求以及学校或实习单位的相关规定。不过，从一般情况和常规操作来看，顶岗协议通常是需要盖章的，以确保协议的法律效力和双方的权益。
首先，盖章是协议正式性和有效性的重要标志。在顶岗实习的情境中，学校、实习单位和学生三方通常会签订一份实习协议，明确各自的权利和义务。这份协议在法律上具有一定的约束力，而盖章则是确认协议内容被各方接受并同意执行的重要方式。
其次，从学校管理的角度来看，盖章也是确保实习过程规范性和安全性的重要手段。学校通过要求实习单位在协议上盖章，可以确认实习单位的合法性和信誉度，从而保障学生在实习期间的安全和权益。
针对您提到的个体工商户实习的情况，如果学校要求提交的毕业生就业协议书（或顶岗实习协议）需要盖公章，而个体工商户只有合同章，那么这可能会遇到学校审核不通过的问题。因为公章和合同章在法律效力和使用范围上可能存在差异，学校为了确保协议的正式性和有效性，通常会要求使用公章。
解决方案：
与实习单位沟通：首先，您可以与个体工商户的负责人沟通，说明学校的要求和盖章的重要性，看是否能够刻制一个公章或者使用其他方式（如由负责人签字并加盖合同章，同时附上相关证明文件）来满足学校的要求。
咨询学校相关部门：其次，您可以咨询学校的就业处或相关管理部门，了解他们对于个体工商户实习盖章的具体要求和替代方案。学校可能会根据实际情况给出一些灵活的处理方式。
了解公章刻制流程：如果确实需要刻制公章，您可以向当地工商行政管理部门或公安机关咨询公章刻制的流程和要求，确保刻制的公章符合法律规定并能够被学校认可。
综上所述，顶岗协议通常是需要盖章的，以确保协议的法律效力和双方的权益。在遇到个体工商户实习盖章问题时，您可以与实习单位和学校相关部门沟通，寻求合适的解决方案。