超员行为主要由公安机关交通管理部门进行处罚。以下是详细的分析和说明：

1. 处罚主体：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，超员行为的处罚主体是公安机关交通管理部门。这一部门负责道路交通安全的监管和执法，对超员等违法行为有权进行查处和处罚。

2. 处罚依据：

   • 公安机关交通管理部门在处罚超员行为时，主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定。该条款明确规定了公路客运车辆载客超过额定乘员的处罚措施，包括罚款、记分以及可能的车辆扣留等。
   • 对于其他类型的载客汽车，如私家车等，虽然法律没有直接规定具体的罚款数额，但超员行为同样会受到公安机关交通管理部门的处罚，通常包括罚款和记分。

3. 处罚措施：

   • 罚款：根据超员的人数和情节严重程度，公安机关交通管理部门会对驾驶员处以一定数额的罚款。罚款金额因地区和具体情况而异，但通常都会根据超员的百分比来确定罚款的档次。
   • 记分：驾驶证记分是我国交通管理的重要措施。超员行为将记相应分数，记分达到一定数量可能导致驾驶证被暂扣或吊销。例如，驾驶营运客车、校车超员20%以上，或者驾驶其他载客汽车超员100%以上的，将一次性扣12分。
   • 其他处罚：在严重超员或造成严重后果的情况下，驾驶员还可能面临拘留、车辆被扣留等更严厉的处罚。

4. 特殊情况说明：

   • 对于校车、客运车辆等特定类型的车辆，由于其承载更多公共安全责任，因此超员行为的处罚通常更加严厉。这些车辆一旦超员，不仅驾驶员会受到处罚，运输单位也可能面临相应的法律责任。
   • 此外，如果超员行为导致了交通事故或人员伤亡等严重后果，驾驶员还可能面临刑事责任的追究。

建议与提醒：

• 作为驾驶员，应严格遵守交通规则，不超员行驶，确保行车安全。超员不仅违法且极度危险，易导致交通事故，对乘客生命安全构成严重威胁。
• 如果遇到超员行为被处罚的情况，应积极配合公安机关交通管理部门的执法工作，接受相应的处罚并改正错误。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。