一般纳税人公司与总包签订的工程合同，在符合法定条件时是有效的。具体分析如下：
- 合同生效的法定条件
根据《民法典》第143条，有效合同需满足：
- 双方具有完全民事行为能力（公司作为法人，自成立时即具备）；
- 意思表示真实（无欺诈、胁迫等情形）；
- 内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
若工程合同内容合法（如具备施工资质、未违反招投标规定等），且双方自愿签署，合同即有效。
- 一般纳税人身份的影响
一般纳税人身份主要涉及税务处理（如增值税专用发票开具、进项税额抵扣），不影响合同本身的法律效力。但需注意：
- 若合同中约定了税务条款（如“甲方需提供13%增值税专用发票”），该条款需符合税法规定，否则可能因违法而无效，但不影响合同其他部分的效力；
- 若总包方利用一般纳税人身份进行虚假开票等违法行为，可能触发税务处罚，但合同效力仍需单独判断。
- 工程合同的特殊要求
根据《建筑法》及相关规定，工程合同还需满足：
- 承包方需具备相应施工资质（如建筑工程施工总承包资质）；
- 必须招标的项目需履行招标程序；
- 禁止转包、违法分包。
若违反上述规定，合同可能被认定无效（如无资质承包、应招标未招标等），但此与一般纳税人身份无关。
建议：
- 签订前核查总包方资质、项目是否需招标；
- 明确合同中的税务条款（如发票类型、税率），确保符合税法；
- 避免约定违法内容（如“无需开具发票”）。
如有具体合同条款或纠纷，可进一步向我咨询。