结论：有公证书但银行定期存款未到期且银行规定只有半年有效期的情况下，一般可先与银行沟通协商，若协商不成，根据具体情况可考虑通过法律途径解决。以下是详细分析：

1. 与银行沟通协商

   • 了解银行规定依据：首先，向银行详细询问其规定定期存款公证书只有半年有效期的具体依据。有可能是银行内部出于风险控制、业务操作规范等方面的考虑制定了这样的规则。例如，银行可能认为超过半年时间，存款人的身份信息、财产状况等可能发生变化，为了保障资金安全和业务合规性，设定了有效期。
   • 说明特殊情况：向银行说明你持有公证书这一事实，公证书是具有法律效力的证明文件，它证明了相关法律事实或法律行为的真实性、合法性。如果存款未到期是因为合理的投资规划或其他客观原因，尝试与银行协商能否延长公证书的有效期或者采取其他变通方式，如提供额外的证明材料来确保存款业务能够按照你的意愿顺利办理。
   • 寻求上级支持：如果与银行基层工作人员沟通无果，可以要求与银行的上级主管部门或者负责人进行沟通。上级部门可能具有更大的决策权和更全面的考虑，能够更好地理解你的诉求并给出合理的解决方案。

2. 考虑法律途径

   • 分析公证书法律效力：公证书是由公证机构根据当事人的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。只要公证书的出具符合法定程序，其法律效力是受到法律保护的，不会因为银行的内部规定而轻易失效。从法律角度讲，公证书在证明相关事项上具有持续的效力，银行不能仅以其内部规定的半年有效期来否定公证书的证明力。
   • 评估银行行为合法性：如果银行坚持拒绝按照公证书的内容办理定期存款业务，且没有合理的法律依据，那么银行的行为可能涉嫌违法。你可以收集相关证据，如公证书、与银行的沟通记录等，向银行的监管部门进行投诉。监管部门会对银行的业务操作进行审查，如果发现银行存在违规行为，会责令银行改正并给予相应的处罚。
   • 提起诉讼：在投诉无果的情况下，你可以考虑向法院提起诉讼。以银行为被告，要求银行按照公证书的内容履行相应的义务，如办理定期存款的到期支取或转存等业务。在诉讼过程中，你需要向法院提供充分的证据证明公证书的合法性和有效性，以及银行拒绝办理业务的行为给你造成的损失。法院会根据法律规定和双方提供的证据进行审理，并作出公正的判决。

建议：在整个处理过程中，要注意保留好所有的相关证据，包括公证书、与银行的沟通记录、存款凭证等。这些证据将在后续的协商、投诉或诉讼中起到关键作用。如果你在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。