当工程合同执行内容不明确时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为它可能直接影响到合同的履行和双方权益的保障。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：

一、首要步骤：协商补充协议

1. 友好协商：合同双方应首先尝试通过友好协商的方式，对不明确的内容进行补充和明确。这是最为直接且高效的方式，能够避免不必要的法律纠纷和成本支出。
2. 签订补充协议：在协商达成一致后，双方应签订补充协议，将不明确的内容具体化、明确化。补充协议与原合同具有同等法律效力，共同构成合同的完整组成部分。

二、次要步骤：依据合同相关条款或交易习惯确定

1. 结合合同整体理解：如果协商不成，双方可以结合合同中的其他明确条款，通过整体理解和解释来推断不明确内容的含义。这需要对合同进行细致的分析和解读，找出与不明确条款相关的线索和信息。
2. 参照交易习惯：在特定行业、领域或地区，可能存在普遍的交易习惯。双方可以参照这些交易习惯来确定不明确的内容，以确保合同的公平性和合理性。

三、遵循国家强制性标准

1. 质量要求：如果合同中的质量要求不明确，双方应按照国家标准、行业标准或通常标准来履行。这有助于确保工程的质量符合行业规范和安全要求。
2. 价款或报酬、履行地点、期限、方式、费用等：对于这些方面的不明确内容，双方可以依据国家相关法律法规和行业标准来确定。例如，价款或报酬可以按订立合同时履行地的市场价格履行；履行地点可以根据给付货币或交付不动产的性质来确定；履行期限应给予对方必要的准备时间等。

四、法律途径解决

1. 提起诉讼或申请仲裁：如果前述方式均无法解决合同内容不明确的问题，双方可以通过法律途径来解决。这包括向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行仲裁。法院或仲裁机构将根据相关法律法规和合同条款作出裁决，以保障双方的合法权益。

五、注意事项

1. 保持沟通：在处理合同内容不明确的问题时，双方应保持沟通和协商的态度。通过积极的沟通，可以增进相互理解，减少误解和纠纷的发生。
2. 审查修订：如果不明确内容涉及关键条款或核心要素，可能需要对整个合同进行重新审查和修订。这有助于确保合同的完整性和准确性，避免后续出现类似问题。
3. 合法性：在签订补充协议或处理合同争议时，双方应确保所达成的协议或裁决符合相关法律法规的规定。避免违反法律强制性规定，以免引发更大的法律风险和纠纷。

综上所述，处理工程合同执行内容不明确的问题需要遵循协商、依据合同或习惯、遵循国家标准、法律途径解决的顺序。在整个过程中，双方应保持沟通的顺畅和合法性的遵守，以确保合同的公平、合法和有效履行。