公司辞退员工时，经济补偿金的计算主要依据员工的工作年限、月工资水平以及辞退的具体情形，具体计算方式如下：

一、基本计算公式

经济补偿金的基本计算公式为：经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资。

1. 工作年限：

   • 按每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算。
   • 不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

2. 月平均工资：

   • 指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 包括基本工资、奖金、津贴等货币性收入。
   • 若工作不满十二个月，则按实际工作的月数计算平均工资。

二、特殊情形下的补偿标准

1. 高薪员工的补偿封顶：

   • 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么支付经济补偿的标准将按照职工月平均工资三倍的数额进行支付，并且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

2. 协商解除劳动合同：

   • 经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资（若超过12年，部分情况下可能按12年算，但需根据具体法律法规和合同条款确定）。

3. 因病或非因工伤解除：

   • 经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资 + 医疗补助费（医疗补助费不低于6个月工资，重病加50%，绝症加100%）。

4. 不能胜任工作解除：

   • 经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资（用人单位需提前三十日书面通知或额外支付一个月工资后解除）。

5. 客观变化经济补偿：

   • 依照《劳动合同法》第四十条第三项规定解除的，经济补偿金计算方式与“不能胜任工作解除”相同。

6. 经济性裁员：

   • 经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资。

7. 违法解除合同：

   • 赔偿金 = 经济补偿标准的二倍 × 工作年限。

三、计算示例

假设某员工在公司工作了5年，月工资为8000元，且不存在高薪封顶的情况。如果该员工被公司合法辞退，那么其应得的经济补偿金为：

经济补偿金 = 5年 × 8000元/月 = 40000元

若该员工月工资高于当地职工月平均工资的三倍，假设当地职工月平均工资为4000元，三倍即为12000元，而该员工月工资为15000元，则经济补偿金将按照12000元/月的标准计算，且支付年限最高不超过十二年。若该员工工作了13年，则经济补偿金为：

经济补偿金 = 12年 × 12000元/月 = 144000元

四、注意事项

1. 程序合法性：

   • 辞退员工需提前30日书面通知或支付代通知金，并通知工会，确保程序合法。

2. 个税处理：

   • 补偿金在当地职工平均工资3倍以内的部分免税，超出部分需按个人所得税规定缴纳。

3. 争议解决：

   • 若对补偿金额有异议，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁或提起诉讼，以维护自身权益。

总结来说，公司辞退员工时，经济补偿金的计算需综合考虑工作年限、月工资水平以及辞退的具体情形。在计算过程中，需特别注意高薪员工的补偿封顶、程序合法性以及个税处理等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。