结论：在合同条款损害公司利益的情况下，是选择撤销该条款还是整份合同，需根据具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从合同条款独立性角度分析
条款可分性：
- 若合同中的损害公司利益的条款是独立的，且该条款的撤销不影响其他条款的效力和合同的履行，那么公司可以选择仅撤销该条款。例如，合同中约定了过高的违约金条款，而其他条款如付款方式、交货时间等均合理且可独立履行，此时公司可主张撤销违约金条款。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
条款不可分性：
- 若损害公司利益的条款与合同其他条款紧密相连，无法单独分割，或者该条款的撤销将导致合同目的无法实现，那么公司可能需要考虑撤销整份合同。例如，合同中的核心条款（如价格条款）被损害，且该条款是合同成立和履行的基础，此时撤销该条款将使合同无法继续履行。
二、从合同履行情况角度分析
合同尚未履行：
- 若合同尚未开始履行，且公司发现合同条款损害其利益，此时公司有权选择撤销该条款或整份合同。撤销条款可避免不必要的法律纠纷和损失；若撤销整份合同，则公司需承担合同解除的相关责任，如返还已收款项、赔偿对方因此遭受的损失等。
合同已部分履行：
- 若合同已部分履行，且公司发现后续条款损害其利益，此时撤销整份合同可能面临更大的法律风险和损失。公司可考虑与对方协商修改损害利益的条款，或仅撤销该条款并继续履行合同的其他部分。若协商无果，且该条款的撤销对合同履行无实质性影响，公司可主张撤销该条款。
三、从法律后果角度分析
撤销条款的法律后果：
- 撤销条款后，合同其他部分继续有效，双方需按照修改后的合同履行义务。若因撤销条款导致合同履行成本增加或收益减少，双方可协商调整合同内容或分担损失。
撤销整份合同的法律后果：
- 撤销整份合同后，合同自始无效，双方需恢复原状并赔偿对方因此遭受的损失。若合同已部分履行，还需根据履行情况和合同性质确定返还财产、折价补偿等责任。
四、建议与策略
评估条款重要性：
- 公司应首先评估损害利益的条款在合同中的重要性，以及撤销该条款对合同履行和公司利益的影响。
与对方协商：
- 在决定撤销条款或整份合同前，公司可尝试与对方协商修改损害利益的条款，以达成双方都能接受的解决方案。
寻求法律支持：
- 若协商无果，公司可咨询专业律师，评估法律风险和后果，并制定合适的法律策略。律师可协助公司起草法律文件、参与谈判或提起诉讼等。
及时采取行动：
- 一旦发现合同条款损害公司利益，公司应及时采取行动，避免损失扩大或错过法律救济的时机。
总结：在合同条款损害公司利益的情况下，公司应根据条款的独立性、合同履行情况以及法律后果等因素综合判断，选择撤销该条款还是整份合同。如有需要，公司可咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。