当双方协议内容存在不同时，首先需要明确的是，协议的不同可能涉及条款解释、履行方式、违约责任等多个方面，具体处理方式需根据实际情况来判断。以下是从不同角度给出的分析和建议：
协议条款解释存在分歧：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。
- 建议：双方应首先尝试通过友好协商，依据上述原则对争议条款进行解释和明确。如果协商不成，可以考虑寻求第三方调解或仲裁，甚至通过诉讼途径解决。在此过程中，保留好协议文本、相关往来邮件、聊天记录等证据至关重要。
协议履行方式存在差异：
- 法律背景：协议履行应遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。如果一方未按照约定方式履行，可能构成违约。
- 建议：双方应首先回顾协议中关于履行方式的具体约定，明确各自的权利和义务。如果一方确实存在违约行为，另一方可以要求其继续履行、采取补救措施或赔偿损失。若协商无果，同样可以考虑通过法律途径解决。
协议违约责任约定不明：
- 法律背景：如果协议中未明确约定违约责任，根据《民法典》的相关规定，受损害方有权要求违约方承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 建议：在协议签订时，双方应尽可能明确违约责任，包括违约金的数额或计算方法、赔偿损失的范围等。如果协议中未约定或约定不明，双方应尝试通过协商补充约定。若协商不成，受损害方可以依据法律规定要求违约方承担相应的违约责任。
协议存在无效或可撤销情形：
- 法律背景：如果协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，可能构成无效或可撤销的协议。
- 建议：如果一方认为协议存在无效或可撤销的情形，应及时向法院或仲裁机构提出申请，并提供相关证据。在协议被确认无效或被撤销后，双方应依据法律规定或法院判决进行财产返还、赔偿损失等处理。
在处理双方协议不同的问题时，还需要注意以下几点：
- 保留证据：无论是协商、调解、仲裁还是诉讼，证据都是关键。双方应妥善保管与协议相关的所有证据，包括协议文本、往来邮件、聊天记录、付款凭证等。
- 及时沟通：发现协议存在问题时，双方应及时沟通，尝试通过友好协商解决问题。避免问题积累导致矛盾激化。
- 寻求专业帮助：如果问题复杂或双方无法达成一致，可以考虑寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和解决方案，帮助双方更好地维护自己的权益。
最后，我想强调的是，协议是双方意思表示的载体，一旦签订就具有法律效力。因此，在签订协议前，双方应充分了解协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如果遇到问题，不要慌张，及时寻求法律帮助是解决问题的关键。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。