结论：公司注册资本未经公司章程登记是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

1. 公司章程的法律地位：

   • 公司章程是公司设立的基本法律文件，它规定了公司的组织结构、经营范围、股东权利与义务等核心内容。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
   • 注册资本作为公司章程中的重要条款，必须明确记载于公司章程中，并经过工商登记部门的登记确认，才能产生法律效力。未经公司章程登记的注册资本，无法对外产生公示效力，也无法作为公司对外承担民事责任的依据。

2. 注册资本登记的必要性：

   • 注册资本的登记不仅是对公司资本实力的公示，也是保护债权人利益的重要手段。通过登记注册资本，债权人可以了解公司的资本状况，从而评估交易风险。
   • 若公司注册资本未经公司章程登记，则无法向外界展示公司的真实资本状况，可能导致债权人在交易过程中遭受损失。同时，这也违反了公司法的相关规定，可能面临法律制裁。

3. 未登记注册资本的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司注册资本未经公司章程登记的，可能面临工商登记部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
   • 此外，若公司因未登记注册资本而导致债权人利益受损的，公司及其相关责任人员可能需承担民事赔偿责任。在极端情况下，若公司行为构成犯罪的，还可能面临刑事处罚。

4. 实际操作建议：

   • 对于公司而言，应严格按照公司法及相关法律法规的规定，将注册资本明确记载于公司章程中，并经过工商登记部门的登记确认。
   • 若公司注册资本发生变更的，也应及时修改公司章程并办理工商变更登记手续，以确保公司资本状况的公示效力。

综合总结：公司注册资本未经公司章程登记是不合法的行为，它违反了公司法的相关规定，可能面临法律制裁和民事赔偿责任。因此，公司应严格按照法律法规的要求进行注册资本的登记和变更手续，以确保公司的合法运营和债权人的利益保护。若您在公司注册资本登记方面遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。