结论：盒马漏扫两次后主动补交，是否会被处罚取决于多种因素，包括漏扫的具体情况、商家的管理政策以及是否构成盗窃等违法行为。以下从不同角度进行分析：
一、漏扫行为的性质
无主观故意：如果漏扫是由于疏忽或操作不当导致的，且没有主观故意逃避支付，那么这种行为通常不会被视为盗窃。在这种情况下，主动补交漏扫的商品，商家一般不会进行处罚，但可能会提醒顾客注意下次避免类似情况。
有主观故意：如果漏扫行为是出于故意，即明知商品未被扫描却故意不支付，那么这种行为可能构成盗窃。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。虽然两次漏扫可能不构成“数额较大”或“多次盗窃”的刑事标准，但商家有权根据内部规定进行处罚，如报警处理或要求赔偿等。
二、商家的管理政策
商家宽容处理：一些商家可能对于轻微的漏扫行为采取宽容态度，尤其是当顾客主动补交时。商家可能会认为这是一种无心之失，并选择不进行处罚，以维护良好的顾客关系。
商家严格处理：然而，也有一些商家对于漏扫行为采取严格的管理政策。他们可能认为漏扫行为损害了商家的利益，即使顾客主动补交，也可能根据内部规定进行一定的处罚，如警告、罚款或禁止再次进入商店等。
三、法律后果与建议
法律后果：如果漏扫行为被认定为盗窃，且达到刑事立案标准，那么将面临刑事处罚。即使未达到刑事标准，也可能面临行政处罚，如罚款、拘留等。此外，商家还有权要求赔偿因漏扫造成的损失。
建议：为了避免不必要的法律纠纷和处罚，建议顾客在购物时仔细检查商品是否被正确扫描，并确保支付完成。如果发现漏扫情况，应立即主动与商家沟通并补交商品或支付相应款项。同时，商家也应加强内部管理，提高扫描设备的准确性和效率，以减少漏扫情况的发生。
总结：盒马漏扫两次后主动补交是否会被处罚，取决于漏扫行为的性质、商家的管理政策以及是否构成盗窃等违法行为。为了避免不必要的麻烦和损失，建议顾客在购物时保持谨慎和诚信，商家也应加强内部管理以提高服务质量。如果您有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。