商圈内非机动车穿行问题主要由城市管理部门和交通管理部门负责管理，具体职责划分如下：

1. 城市管理部门（城管局/综合行政执法局）
   若非机动车穿行行为涉及商圈内公共区域秩序管理（如乱停乱放、占用消防通道、破坏市政设施等），通常由城市管理部门依据《城市市容和环境卫生管理条例》《城市道路管理条例》等法规进行监管。例如：非机动车在商圈步行街违规穿行或停放影响行人通行时，城管部门可责令整改或处罚。

2. 交通管理部门（公安局交通警察支队/大队）
   若非机动车穿行行为涉及交通规则违反（如闯红灯、逆行、未按规定车道行驶等），则由交通管理部门依据《道路交通安全法》及实施条例处理。例如：非机动车在商圈周边机动车道违规穿行引发拥堵或事故时，交警部门可依法处罚。

补充说明：

• 职责交叉情形：若非机动车穿行行为同时涉及秩序管理和交通违规（如商圈内非机动车道被占用导致车辆被迫逆行），可能需两部门联合执法或按职责分工分别处理。
  
• 地方性规定：部分城市可能通过地方性法规或政府文件进一步明确商圈内非机动车管理细则（如限行区域、时段等），建议结合当地政策具体分析。
  

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