县农业农村局有权处理土地承包经营权违规上证的问题。

具体来说，根据相关法律法规，县农业农村局作为负责农村土地承包及承包合同管理、流转规范、承包纠纷仲裁等工作的政府部门，对于土地承包经营权的违规上证行为，具有相应的处理权限。这种违规上证可能涉及到土地承包经营权的非法转让、未经批准擅自改变土地用途、违反合同约定等行为，这些都可能损害土地承包经营权的合法性和稳定性，进而影响农村土地的合理利用和农民的合法权益。

在处理这类问题时，县农业农村局会依据相关法律法规和政策规定，对违规行为进行调查、取证，并根据违规行为的性质和情节，采取相应的处理措施。这些措施可能包括责令改正、罚款、收回土地承包经营权等，以维护农村土地承包经营权的合法性和农村土地的合理利用。

因此，如果你遇到了土地承包经营权违规上证的问题，可以向县农业农村局反映情况，并寻求他们的帮助和处理。他们会根据你的具体情况，给出相应的处理意见和措施。