违规办理的农村土地股权证应通过行政撤销、行政复议、行政诉讼或民事赔偿等途径处理，具体需结合违规情形和权益受损情况选择合适方式。以下是详细分析：

1. 行政撤销程序
   若股权证办理存在程序违法（如未公示、未召开村民会议表决）或实体违法（如虚构股东身份、篡改土地面积），可向县级农业农村部门或乡镇政府申请撤销。需提交书面申请并附证据（如会议记录造假、土地权属证明矛盾等），行政机关应在60日内作出决定。若未获答复，可进一步提起行政复议。

2. 行政复议救济
   对行政机关拒绝撤销或未处理的行为，可在知道该行为之日起60日内向县政府或上级农业农村部门申请复议。复议机关将审查办理程序合法性，若确认违规，会责令原机关重新处理或直接撤销股权证。此途径成本较低且效率较高，适合程序性争议。

3. 行政诉讼途径
   若复议未果或对复议结果不满，可在收到复议决定书15日内或直接在知道股权证颁发之日起6个月内向法院起诉。法院将全面审查行政行为合法性，包括主体资格、程序正当性、事实认定准确性等。若判决撤销，原股权证自始无效，行政机关需重新作出行政行为。

4. 民事赔偿主张
   若违规办理导致他人土地权益受损（如被冒名登记、土地被非法流转），受损方可依据《民法典》第238条提起侵权之诉，要求违规办理者或实际侵权人赔偿损失。需证明损害事实、因果关系及过错程度，赔偿范围包括直接损失（如土地收益）和合理维权费用。

操作建议：

• 优先通过行政程序解决，保留书面申请、送达回证等证据；
  
• 涉及多人利益时，可推选代表处理以降低维权成本；
  
• 诉讼阶段注意3年诉讼时效限制，从知道权益受损之日起计算。
  

具体处理需结合违规细节和当地政策，如有进一步证据或情况说明，可向我补充提问。