结论前置：违章建筑即使有营业执照，在拆迁时一般也难以就建筑本身获得赔偿。但如存在合法经营活动，因拆迁导致的停产停业损失、搬迁费用及设备设施损坏等合理部分，有可能获得一定补偿。以下是对这一结论的详细解释：
一、违章建筑的定义与性质
违章建筑，通常指的是在城市规划区内未取得建设工程规划许可证或违反建筑工程规划许可证规定建设的建筑物，以及采取欺骗手段骗取批准而占地新建、扩建和改建的建筑物。这类建筑因违反了相关法律法规的建设要求，其本身不具有合法性，因此不受法律保护。
二、违章建筑与拆迁赔偿的关系
建筑本身的赔偿：
- 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条的规定，对于认定为违法建筑的，在拆迁时不予补偿。这意味着，违章建筑本身因其不合法性，在拆迁时通常不会得到任何赔偿。这是因为违章建筑的建设本身就违反了法律法规，没有合法的建设手续，因此无法享受合法建筑在拆迁时的补偿待遇。
合法经营活动的补偿可能性：
- 尽管违章建筑本身不予赔偿，但如果该建筑内存在合法经营活动，并持有有效营业执照，那么因拆迁导致的某些合理损失可能得到补偿。这些补偿可能包括：
- 停产停业损失补偿：拆迁可能导致合法经营活动无法正常进行，从而造成停产停业损失。依据相关法规，房屋征收部门应当给予被征收人相应的补偿，具体标准各地有所不同。例如，有些地方会根据企业的营业收入、利润等指标来计算停产停业损失的补偿金额。
- 搬迁费用补偿：企业因拆迁需要进行搬迁，由此产生的设备搬运、安装调试等合理费用，征收方通常会给予一定的补偿。这些费用是企业在搬迁过程中实际发生的，且是必要的支出，因此有权获得补偿。
- 设备设施补偿：对于因拆迁而受到损坏或无法搬走的设备设施，应根据其实际价值进行评估并给予补偿。这些设备设施是企业正常经营所必需的，因拆迁而受到损坏或无法搬走，给企业造成了经济损失，因此有权获得相应的补偿。
三、特殊情况与建议
- 在某些特殊情况下，地方政府为了鼓励企业配合拆迁工作，可能会给予一定的奖励或补助。但这些奖励或补助并非对违章建筑本身的补偿，而是对企业配合拆迁行为的一种激励措施。因此，企业在接受这些奖励或补助时，应明确其性质，避免产生误解。
- 建议：对于已存在的违章建筑，如果内有合法经营活动，企业应了解并保留好相关证据，如营业执照、税务登记证、经营合同等，以便在拆迁时能够争取到合理的补偿。同时，企业也应积极与征收方沟通，了解拆迁政策和补偿标准，确保自己的合法权益得到保障。
综上所述，违章建筑即使有营业执照，在拆迁时也难以就建筑本身获得赔偿。但如存在合法经营活动，因拆迁导致的合理损失部分有可能获得一定补偿。因此，建议企业在建设前依法办事，确保建筑的合法性；同时，对于已存在的违章建筑，应了解并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。