原告申请做笔迹鉴定通常需要先交费，但具体是否需预交及费用承担主体需分情况讨论：

1. 诉讼阶段申请鉴定的费用预交规则
   根据《诉讼费用交纳办法》第十二条，诉讼过程中因鉴定产生的费用（包括笔迹鉴定）属于诉讼费用范畴，原则上由申请鉴定方预先垫付。原告作为申请方，需在提交鉴定申请时向法院预交鉴定费用，法院委托鉴定机构后，由鉴定机构出具收费通知，原告按通知金额完成缴费。

2. 费用最终承担主体的判定规则
   鉴定费用的最终承担需结合案件实体审理结果判定：

   • 若鉴定结论支持原告主张（如证明文件签名系被告所为），则鉴定费用通常由被告承担，法院会在判决中明确由被告向原告支付该费用；
     
   • 若鉴定结论不支持原告主张（如证明文件签名非被告所为），则鉴定费用由原告自行承担，预交费用不再退还；
     
   • 若鉴定因被告原因导致无法进行（如被告拒不提供比对样本），法院可能直接判定被告承担费用。

3. 特殊情形下的费用处理

   • 经济困难原告：若原告因经济困难无法预交费用，可依据《诉讼费用交纳办法》第四十四条向法院申请缓交、减交或免交，但需提供经济困难证明（如低保证明、残疾证明等）；
     
   • 法院依职权启动鉴定：若案件涉及公共利益或重大事实认定，法院可依职权主动委托鉴定，此时费用由法院通过财政预算支付，原被告均无需预交。

实务建议：

1. 提交鉴定申请时，需同步提交书面费用承担说明，明确预交意愿及对最终承担主体的主张；
   
2. 预交费用后，务必保留缴费凭证（如银行转账记录、鉴定机构收据），作为后续主张费用承担的证据；
   
3. 若对鉴定费用标准存疑（如鉴定机构收费高于当地指导价），可要求法院出具费用合理性说明，或向当地司法行政部门投诉。
   

如需进一步分析具体案件中的费用承担风险，可提供案件背景细节，我将结合《民事诉讼法》第七十八条及《司法鉴定程序通则》相关规定为您详细解答。