在收到车辆违规停车的短信通知，并且发现车上已有罚单的情况下，您可以按照以下步骤来处理：
一、确认违停信息的真实性
首先，您需要仔细核对短信中的违停时间、地点、罚款金额等信息，确保这些信息与车上的罚单内容一致。同时，您也可以通过交管部门的官方网站、APP或其他官方渠道查询具体的违章记录，以确认信息的真实性。
二、了解免罚条件（如适用）
部分城市或地区可能设有违停短信提醒免罚政策，但通常这些政策会有一定的限制条件，如首次违停、特定路段、规定时间内驶离等。您需要了解当地的具体政策，判断自己是否符合免罚条件。如果不符合，那么您就需要按照罚单上的指示缴纳罚款。
三、选择缴纳方式
缴纳违章停车罚款的方式多样，您可以根据自己的实际情况选择合适的方式：
线上缴纳：
- 使用交管部门的官方APP（如“交管12123”等），绑定车辆信息后，可以查询并确认违章记录，然后选择合适的支付方式（如微信支付、支付宝支付等）完成缴纳。
- 通过综合政务服务平台或第三方支付平台（如支付宝、微信的城市服务功能）进行缴纳，这些平台通常也提供了便捷的违章查询和缴纳服务。
线下缴纳：
- 前往银行柜台缴纳，您需要携带驾驶证、行驶证、身份证等相关证件及处罚决定书（如有），到指定银行办理缴费手续。
- 前往交警大队或车管所窗口缴纳，这种方式适用于复杂或存疑的违章情况，您可以现场咨询并处理。
- 使用自助缴费终端，部分地区的银行、商场等设有自助缴费终端，您可以按照终端上的提示完成缴纳。
四、缴纳流程与注意事项
- 线上缴纳流程：一般需下载安装相应APP或登录平台，绑定车辆信息，查询并确认违章记录，选择合适的支付方式完成缴纳。缴纳完成后，务必保留好缴费凭证。
- 线下缴纳流程：携带相关证件及处罚决定书（如有），到指定地点办理缴费手续。缴纳完成后，同样需要保留好缴费凭证。
- 注意事项：
- 确保在规定期限内缴纳罚款，避免逾期产生滞纳金。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，逾期未缴纳罚款的，每日将按罚款数额的百分之三加处罚款。
- 如对违章有异议，可在规定时间内提出申诉或行政复议。申诉时需提供充分证据支持观点，如行车记录仪视频、现场照片等。
五、法律后果与申诉途径
- 如果逾期未缴纳罚款，除了会产生滞纳金外，还可能影响您的个人信用记录，甚至面临更严重的法律后果。
- 如对违章记录或罚款有异议，您应及时向发出罚款通知的交通管理部门提出申诉或行政复议。申诉渠道通常包括线上申诉平台、线下申诉窗口等，您可以根据自己的实际情况选择合适的方式。
综上所述，处理车辆违规停车的短信通知和罚单时，您需要确认违停信息的真实性，了解免罚条件（如适用），选择合适的缴纳方式，并按照流程完成缴纳。同时，务必保留好缴费凭证，以备不时之需。如果对违章记录或罚款有异议，也应及时提出申诉或行政复议。