结论：农商银行还款差一百是否算逾期，需结合贷款合同具体条款、银行实际操作惯例以及是否构成“根本性违约”等因素综合判断，以下分情况说明：

1. 合同条款是核心依据

若贷款合同中明确约定“还款金额必须足额到账，差额部分即构成逾期”（例如约定“还款日未足额偿还当期应还本息的，视为逾期”），则差一百元可能被银行认定为逾期。此时银行有权按合同约定收取逾期利息、违约金，甚至上报征信系统。
法律依据：根据《民法典》第675条，借款人应按约定期限返还借款；第676条，未按约定返还的，应支付逾期利息。合同条款是双方权利义务的直接依据。

2. 银行实际操作可能存在“容差机制”

部分银行为减少纠纷，会设置“容差还款”规则（例如允许100元以内的差额视为按时还款，仅对超出部分计息）。但需注意：

• 容差金额：不同银行标准不同（常见为10元、50元或100元），需以农商银行具体规定为准；
  
• 适用范围：通常仅适用于“未足额还款但差额较小”的情形，若长期差额或差额比例过高（如应还1万元仅还9900元），仍可能被认定为逾期；
  
• 主动确认：建议直接联系农商银行客服或查阅贷款合同，明确是否适用容差规则。

3. 差额是否影响“根本性义务”

若差额极小（如100元占当期还款额比例很低），且借款人无恶意拖欠的主观故意，实践中银行可能不会直接认定为逾期，但可能通过短信、电话提醒补缴。若借款人未及时补缴，后续仍可能被追责。
风险提示：即使银行未立即认定为逾期，差额部分仍可能按合同约定产生利息（如日万分之五的罚息），长期拖欠可能影响征信。

行动建议

1. 立即补缴差额：避免因小失大，产生额外费用或征信污点；
   
2. 联系银行确认：通过客服、网点或贷款经理，明确合同条款及银行操作规则；
   
3. 保留证据：若银行错误认定逾期，可要求其出具书面说明，或通过投诉、诉讼维护权益。
   

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